Chap. II. SYNTHESE D'ACTIVITES .
II.1. Stage en Microbiologie
clinique :
a) Généralités :
Le travail a lieu tous les jours ouvrables de 8h30 à
17h00 avec une pause à midi. Le Laboratoire reçoit non seulement
les échantillons des malades soignés aux Cliniques, mais
également ceux provenant d'autres hôpitaux ou cliniques du
réseau.
Ces différents produits biologiques sont
dispatchés dans les unités du département à
partir du Centre de Tri Laboratoire (CTL). C'est là que les
secrétaires du laboratoire de Microbiologie et Hygiène
Hospitalière récupèrent ces produits et les demandes
d'analyses ; puis elles procèdent à l'encodage des
données de patients dans le réseau informatique pour
l'émission des feuilles de travail journalier du laboratoire. C'est
après ceci, que les échantillons arrivent définitivement
dans les différents secteurs du Laboratoire.
Chaque secteur a un technologue titulaire par an, mais des
rotations régulières sont organisées de sorte que chacun
d'entre eux soit à mesure de gérer convenablement les
différents secteurs. Ainsi, les technologues de laboratoire sont les
premiers interlocuteurs des stagiaires et l'esprit pédagogique que j'ai
rencontré en tous restera gravé dans ma mémoire à
jamais. En plus, pour des questions ou échanges scientifiques dont la
portée s'avérait du domaine médical ou
spécialisé, je m'adressai soit aux assistants ou bien simplement
aux médecins biologistes du service, qui sont restés pour moi
d'une disponibilité, d'une convivialité et une humilité
exemplaires.
Le Chef de Laboratoire supervise en permanence toutes les
activités du jour.
Il est à noter que les gardes de nuit au Laboratoire
sont assurés par les seuls assistants polyvalents sous la supervision
d'un spécialiste-biologiste.
b) Déroulement :
Il m'est impossible de résumer ici toute
l'organisation et les protocoles de travail en
Microbiologie aux Cliniques St-Luc. Il existe dans le Service,
des procédures agréées, que chaque stagiaire est
autorisé à photocopier pour lui-même .
Ainsi, je reviendrai simplement sur quelques aspects de ma
collaboration aux techniques microbiologiques de base, et cela sans être
exhaustif .
Normalement, l'isolement ou l'ensemencement des
échantillons de bactériologie se fait rarement sur un seul
milieu de culture (sauf pour la mise en culture d'urines sur milieu
chromogène CPS*) dans la perspective de récupérer chaque
pathogène éventuel. Les identifications et antibiogrammes se font
soit par galeries automatisées (Phoenix*), soit par galeries des tests
biochimiques validées, utilisations de disques d'identification, des
milieux sélectifs, etc.
Ø Synthèse de participation aux
activités de `Microbiologie clinique' :
Ceci concerne ma collaboration aux différentes
activités dans les différents secteurs du Laboratoire,
exceptés la cuisine et le laboratoire de Sérologie.
C'était l'occasion pour moi :
- de me rendre compte des modalités de conservation des
échantillons bactériologiques,
- de participer à l'ensemencement des différents
produits biologiques,
- de connaître les différents milieux couramment
utilisés dans le service ainsi que les conditions d'incubation de
boites ensemencées ou des Hémocultures (Bactec*)
- de connaître les bactéries saprophytes et
pathogènes couramment rencontrées en fonction du site de
prélèvement.
- d'approfondir la lecture visuelle des cultures
bactériennes positives ou négatives, de connaître les
clés d'identification des bactéries pathogènes (soit par
galeries automatiques : Phoenix*, soit par des tests biochimiques), et de
réaliser si nécessaire des antibiogrammes, soit par la
méthode traditionnelle de diffusion de disques sur milieux
gélosés à lire sur SIR SCAN* ou bien sur galeries
automatiques.
- de collaborer aux déterminations de CMI par
Epsilomètres.
- de savoir les modalités de mise en évidence de
différents mécanismes de résistance de certaines
bactéries : MRSA, VRE, BLSE, béta-lactamase, Cefinase,...
- de travailler au laboratoire de Mycobacteries (confinement
L3) : examens directs, décontamination des échantillons,
cultures en automate et sur milieux solides ; et antibiogrammes de
mycobactéries.
- d'avoir une vision sommaire sur la culture, l'identification
des champignons d'intérêt médical (levures, moisissures et
dermatophytes) et la réalisation d'antifongigramme. Aussi, une vue
d'ensemble de l'isolement, identification et antibiogramme de bactéries
anaérobies.
- d'apprendre la mise en culture de Cathéters et
l'interprétation de résultats (technique de MAKI).
- de passer en revue la mise en évidence de certains
parasites : Isospora belli, Cryptosporidium parvum,
Crochets d'Ecchinococcus granulosus, ...
- d'être informé de quelques modalités de
la validation de résultats microbiologiques.
Ø Laboratoire d'Hygiène
Hospitalière :
Les activités d'Hygiène Hospitalière sont
nombreuses, nécessitant souvent un budget ou bien simplement un
changement (pas aisé) des attitudes antérieures dans les
unités de soins. Parmi ces activités, j'ai pris part
à :
- L'analyse bactériologique des
prélèvements biologiques d'unités des soins aseptiques
(frottis de gorge ou de nez, selles, urines, lait
maternel).
- L'examen des prélèvements de surface ou
fluides (eau de la piscine hospitalière, etc.) soit dans le cadre de
contrôle de stérilité ou bien d'investigation d'une
épidémie hospitalière.
- Le contrôle des procédures de
stérilisation par Autoclaves et Poupinnels au sein des Cliniques
(utilisation des préparations de Bacillus subtilis ou
stéarothermophilus de la Firme 3M.).
- Suivi d'infections à germes résistants
isolés au Laboratoire de routine ( relevé, mise « en
alerte », rappels de mesures d'Hygiène,
décontamination...) tels que les MRSA, les entérobactéries
BLSE, les non fermentants multi- résistants (Acinetobacter).
Les cas d'infection à Clostridium difficile sont mis
« en alerte » à la Tour Claude Bernard.
- Surveillance des septicémies sur
Cathéters.
- Collection des souches multirésistantes,
transmission de souches suspectes d'épidémies nosocomiales pour
génotypage (Biologie moléculaire), et les comparer aux souches
de référence et entre elles.
- Entretien avec le Médecin hygiéniste sur
l'élimination de déchets en milieu hospitalier, mettant
l'accent sur le tri de déchets et l'importance de
l'incinérateur.
Ø Visite au Laboratoire de Mont-Godine :
Sur proposition de Monsieur R. Fiasse (projet endoscopie
à Bukavu), le contact avait
été pris aux Cliniques Universitaires de l'UCL
à Mont-Godine, auprès du Pr Y. Glupczynski ; et où
Théophile M. et moi, étions partis en date du 20 janvier 2004
pour une journée de travail.
C'était spécialement pour nous rendre compte
des conditions d'isolément,
identification et antibiogramme d'Helicobacter
pylori ; et surtout, apprendre la réalisation du test
à l'Uréase sur biopsies, envisageable à Bukavu (à
coupler à l'anatomie-pathologique).
Enfin, j'y ai été sensibilisé sur la
pathologie de ce germe (gastrites, ulcère gastro-duodénal et
cancer de l'estomac) ainsi que sa sensibilité aux antibiotiques
(résistance élevée au Métronidazole dans les Pays
en développement). Le Pr Glupczynski nous avait offert entre autres, 2
exemplaires de sa thèse d'agrégation en Médecine dont une
partie des recherches avaient été effectuées à
Lwiro (RD Congo).
Ø Stage à la Tour
Claude-Bernard :
Parmi tant d'autres activités organisées dans
cette unité, j'ai pu collaborer à :
- La mise en culture des échantillons des selles pour
l'isolement de Clostridium difficile.
- La recherche des toxines A ( par un test rapide en 30 min.
)et B de Clostridium difficile.
- Le génotypage de bactéries par la technique de
PFGE (Electrophorèse en champs pulsé) dont les photos
sont analysées par un logiciel informatique (Gel Compare
II).
- Milieu utilisé : CCFA (Cyclostatine,
Céfotaxime, Fructose-Agar), boîte à incuber en
anaérobiose après y avoir fait une encoche.
- Manipulation de l'Anoxomat ( connecté à une
bonbonne de gaz : 10 % C02 + 80 % N2 + 10 % H2), même appareil est
utilisé au -1 pour la microaérophilie et anaérobiose.
- Conditions de culture des cellules humaines HELA
(Henriette Lack) pour la mise en évidence de l'effet
cytopathogène de la toxine B.
- Lecture des colonies de Cl. difficile à la
loupe binoculaire (mates, grosses : 3 à 15 mm, dorées,
plates, limites irrégulières, trame en verre brisé et
sans halo jaune), ainsi que de l'effet cytopathogène de la toxine B.
II. 2. Stage en Maladies Infectieuses:
Cette expérience a été
également enrichissante pour moi. Encore une fois, c'était
l'occasion de se rendre compte que le dialogue entre le Laboratoire et les
cliniciens reste très utile.
J'y ai participé :
- aux échanges sur les modalités pratiques de
prescription, administration et surveillance du traitement aux
antirétroviraux,
- à l'interprétation de différents
résultats paracliniques,
- aux avis sur l'antibiothérapie en fonction de
l'antibiogramme ou des germes suspectés.
- aux visites à quelques patients de l'Unité
44.
II.3. Formation théorique :
Mon stage a été complété par une
formation théorique satisfaisante . En effet, j'ai suivi des cours
théoriques d'Hygiène Hospitalière (45 heures) et de
complément de Microbiologie (25 heures). J'ai également
participé aux séminaires d'Hygiène Hospitalière,
Biologie clinique, Microbiologie et maladies infectieuses. Par ailleurs, une
documentation personnelle (d'environ 250) faite d'une bonne dizaine de livres
neufs de Microbiologie, Hygiène Hospitalière et Maladies
Infectieuses m'a été offerte.
II.4. Divers :
- Ce stage m'a permis également de me rendre
compte de l'utilité de l'outil informatique dans la pratique biologique
et clinique. C'est dans ce cadre que j'avais rencontré le responsable du
système informatique, dont les conseils pourraient nous aider pour des
éventuels projets y relatifs à Bukavu.
- Visite à la stérilisation centrale des
Cliniques ainsi qu'au Centre Audio-Visuel.
- Entretien le 31.05.04 avec le Dr Luc BILTERYS de la
CND de Tournai sur les projets d'Hygiène Hospitalière à
Bukavu.
- Quelques matériels de Laboratoire et
réactifs nous ont été offerts à la fin de notre
séjour à l'UCL.
- Enfin, il est à noter qu'au Service
de Microbiologie, la vie ne s'arrête pas seulement à
l'identification de germes. C'est ainsi que nous resterons reconnaissants
envers tous pour nous avoir associés à différents Drinks
ou Réceptions organisés au cours de la période de notre
stage.
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