II.2 Impact de la co-infection sur la prise en charge
des maladies
En microbiologie, la co-infection (ou infection multiple) est
l'infection simultanée d'un hôte par plusieurs agents
pathogènes. Chez l'homme, en dépit de l'absence de données
disponibles sur la prévalence globale, on estime ce
phénomène très commun, voire plus courant que l'infection
simple (Peteney et al ;1998). Les progrès des
techniques de séquençage révèlent un peu plus que
les infections multiples sont la règle plutôt que l'exception
(Jonathan et al ; 2010).
II.2.1 Intérêt clinique d'une co-infection
Elle est évidente quand les agents pathogènes
interagissent (positivement ou négativement).
Les interactions positives se traduisent par le
syndémisme dans lequel la transmission de la maladie et sa progression
sont renforcées.
Au contraire, parmi les interactions de co-infection
négatives figure l'interférence microbienne. C'est le cas
lorsqu'une espèce de bactérie supprime la virulence ou la
colonisation d'une autre bactérie, telle Pseudomonas aeruginosa
supprimant la formation de colonies pathogènes de
Staphylococcus aureus (Hoffman et al ;2006).
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De plus la co-infection peut parfois rendre le diagnostic plus
difficile, l'un des pathogènes pouvant masquer ou modifier les
symptômes de l'autre, et inversement.
II.2.2 Intérêt épidémiologique
des co-infections
La co-infection est favorisée par la circulation des
microbes liés à l'anthropisation du monde, à la grande
accélération et le dérèglement climatique
(Linda ; 2008). Or c'est aussi l'un des mécanismes
utilisés par les bactéries et virus pour co-évoluer avec
leurs hôtes, souvent à l'occasion d'une baisse de
l'immunité qui peut être induite par l'un des pathogène
(virus par exemple) : la coinfection favorise le phénomène de
recombinaison génétique, propice à l'apparition de
nouvelles souches chez les virus et bactéries, qui causeront
éventuellement des maladies émergentes, parfois zoonotiques ou
compliqueront le diagnostic et le traitement des patients. Par exemple : Dans
le cas de la grippe une co-infection virus-bactérie est
fréquentes, et peut être la cause de la mort chez l'adulte ou
d'une gravité accrue de la grippe chez l'enfant (Floret
1997).
II.2.3 Évolution microbienne
Les infections multiples sont un moteur important de
l'évolution microbienne (Andrew ; 2001). En effet, la
compétition pour les ressources de l'hôte rajoute de fait un
niveau de sélection naturelle : la souche parasitaire favorisée
n'est plus seulement celle qui se transmet le mieux dans la population mais
aussi celle qui parvient à remporter la compétition
intra-hôte (Nicole ; 2009). Ceci a des
conséquences majeures sur les processus d'évolution de la
(Alizon ; 2013). Dans le cas de l'évolution de la
résistance aux antibiotiques, les infections multiples peuvent aussi
favoriser les transferts horizontaux de gènes de résistance entre
différents génotypes bactériens(Alizon ;
2016). Ces processus sont compliqués à prédire
car ils mettent en jeu à la fois l'épidémiologie et
l'évolution (on parle d'épidémiologie
évolutive).
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