UNIVERSITÉ D'ORLÉANS
UFR Collégium Sciences et Techniques
Master Sciences du Vivant 1ère
année
Spécialité
Biotechnologie, Biologie Moléculaire et
Cellulaire
Rapport de stage
Effets du contexte pédoclimatique
sur
les teneurs en réserves glucidiques
chez le peuplier en taillis à très
courtes
rotations
Présenté par
Chloé MORIN-PAYÉ
Stage réalisé du 12 avril au 28 mai
2021
Organisme d'accueil : LBLGC, USC INRAE 1328 - Laboratoire
de Biologie des Ligneux et Grandes Cultures
Lieu du stage : Université
d'Orléans
Maîtres de stage : Mme. Cécile
VICENT-BARBAROUX et M. Régis FICHOT, Enseignants chercheurs
Date de soutenance : 6 juillet 2021
FACULTE D'ORIGINE :
Université d'Orléans
UFR CoST Sciences et Techniques
1 rue de Chartres
45100 Orléans
Tel : 02 38 41 71 78
ENSEIGNANT REFERENT : LABORATOIRE D'ACCUEIL :
Fabienne BRULE LBLGC
Centre de Biophysique Moléculaire UFR CoST Sciences et
Techniques
UPR 4301 CNRS France Université d'Orléans
Rue Charles Sadron Rue de Chartres - BP 6759
45071 ORLEANS CEDEX 2 45071 ORLEANS CEDEX 2
fabienne.brule-morabito@univ-orleans.fr
Tel : 02 38 49 48 43
ENCADRANTS DE STAGE : Cécile
VINCENT-BARBAROUX LBLGC
Equipe ARCHE, Axe Ecophysiologie Rue de Chartres - BP 6759 45071
ORLEANS CEDEX 2
cecile.barbaroux@univ-orleans.fr
Régis FICHOT
LBLGC
Equipe ARCHE, Axe Ecophysiologie Rue de Chartres - BP 6759 45071
ORLEANS CEDEX 2
regis.fichot@univ-orleans.fr
Remerciements
Je voudrais dans un premier temps remercier mes maîtres
de stage, Cécile Barbaroux et Régis Fichot pour m'avoir
donné l'opportunité de réaliser ce stage ainsi que pour
leur écoute et leurs conseils avisés.
Je saisis cette occasion pour adresser mes remerciements
à Monsieur Steeve Thany pour m'avoir accueillie au sein de son
laboratoire ainsi qu'à toute l'équipe pédagogique du
LBLGC.
Merci aux enseignants du Master BBMC d'Orléans, qui
m'ont fourni les outils nécessaires au bon déroulement de mon
stage. Je remercie tout particulièrement ma directrice de master, Madame
Fabienne Brulé, pour son dévouement tout au long de
l'année ainsi que pour son soutien lors de la rédaction de mon
rapport de stage.
Merci à ma binôme de stage, Clémentine
Moreau sans qui les heures passées à doser les glucides auraient
été beaucoup trop calmes.
Je remercie ma famille pour leurs bons conseils et leur
soutien.
Enfin, un grand merci à Lisa-May Billondeau qui est
restée à l'écoute et pour son aide inconsidérable
pour la rédaction de ce rapport.
iii
Le travail réalisé dans le cadre de ce stage
a bénéficié du soutien financier de la région
Centre-Val de Loire (projet 2E-BioPop APR IR 2017 convention no.2017-00116950,
projet PRESTO APR IA 2019).
iv
Liste des abréviations utilisées
ANOVA ANalysis Of VArianoe
ARCHE Arbres et Réponses aux
Contraintes Hydriques et Environnementales
GES Gaz à Effet de Serre
GIEC Groupe d'experts Intergouvernemental sur
l'Evolution du Climat (IPCC)
GIS Groupement d'Intérêt
Scientifique
GOPOD Glucose Oxydase/Peroxydase
INRAE National Research Institute for
Agriculture, Food and the Environment
LBLGC Laboratoire de Biologie des Ligneux et
des Grandes Cultures
NSC Non-Structural Carbohydrates (glucides
non structuraux)
rpm Revolution per minute (tour par
minute)
TCR Taillis à Courtes Rotations
TTCR Taillis à Très Courtes
Rotations
Résumé h
Table des matières
Remerciements iii
Liste des abréviations utilisées iv
I.
II.
|
Introduction
Matériels et méthodes
|
1
4
|
1.
|
Présentation des sites expérimentaux
|
4
|
2.
|
Présentation du matériel végétal et
du dispositif expérimental
|
5
|
3.
|
Echantillonnages
|
5
|
4.
|
Dosage des glucides non structuraux
|
6
|
5.
|
Estimation des quantités de réserves dans les
arbres
|
7
|
6.
|
Analyses statistiques
|
7
|
III. Résultats 9
1. Effets génotypes, site et interaction génotype
x site pour les concentrations en réserves
glucidiques 9
2. Relations entre la teneur en sucres solubles, amidon ou
glucides totaux et la croissance ___ 10
IV. Discussion 13
1. Variabilité génétique et
plasticité phénotypique des réserves glucidiques 13
2. Relations entre NSC et croissance 14
V. Conclusion et perspectives 16
Références bibliographiques a
Annexes e
1.
|
Annexe 1
|
e
|
2.
|
Annexe 2
|
e
|
3.
|
Annexe 3
|
g
|
|
Table des illustrations
Figure 1 : Localisation des sites
expérimentaux basés à Saint Cyr-en-Val et Echigey
_____4
Figure 2 : Schéma explicatif de la
culture en taillis à très courte rotation 6
Figure 3 : Concentration en sucres solubles,
amidon et sucres totaux (NSC) chez 44 génotypes de peuplier
cultivés en taillis à très courte rotation (TTCR) sur deux
sites (ECH vs.
SCV) 10
Figure 4 : Performances de croissance pour les
44 génotypes de peuplier en cultivés en
taillis à très courte rotation (TTCR) sur deux
sites de culture (ECH vs. SCV) 11
Figure 5 : Diagramme de corrélation entre
la concentration en sucres solubles (SS), amidon ou NSC totaux et la biomasse
du brin dominant à chacun des sites d'étude (ECH vs. SCV)
12
1
I. Introduction
Selon les estimations du GIEC en 2019, les émissions
anthropiques liées aux activités humaines ont provoqué un
réchauffement de l'atmosphère de près de 1°C depuis
l'ère préindustrielle. Si le réchauffement continue
à suivre la tendance, il est fort probable qu'il atteigne 1,5°C
d'ici 2030 à 2052. La raréfaction du pétrole, mais aussi
la prise de conscience de la nécessité de diminuer les rejets de
CO2, dirige de plus en plus l'attention générale vers les
énergies issues de la biomasse végétale. En 2020, la
Commission européenne s'est fixée pour objectif de réduire
ses émissions de gaz à effet de serre (GES) de 55% en 2030 par
rapport à 1990 en substituant peu à peu l'utilisation des
énergies renouvelables à celle des énergies fossiles.
En France, la forêt couvre environ 30% du territoire
(IGN, 2021) ce qui fait du bois une ressource stratégique, tant au
niveau écologique qu'économique. Le peuplier constitue la
deuxième essence la plus récoltée en France
derrière le chêne (AAF, 2019). A l'échelle du pays, on
retrouve spontanément à l'état sauvage trois
espèces pures autochtones, le peuplier blanc (Populus alba L.),
le peuplier tremble (P. tremula L.) et une espèce
caractéristique des forêts ligériennes, le peuplier noir
(P. nigra L.). De façon générale, ce sont des
arbres inféodés aux zones humides de l'hémisphère
nord ce qui en fait des espèces emblématiques de nos
régions. Ils sont également présents au sein de
compartiments cultivés largement représentés sur le
territoire avec un volume de bois sur pied d'environ 30 millions de
m3 en 2020 (Ministère de l'Agriculture, 2020). Ces
plantations sont la plupart du temps composées de variétés
issues de l'hybridation interspécifique et sélectionnées
sur des critères de performance (productivité, qualité du
bois, résistance aux maladies...). La plupart des variétés
élevées sur le territoire sont actuellement des hybrides de type
P. deltoïdes (?) X P. nigra (?). Le bois produit par ces
arbres est surtout utilisé pour l'industrie de la pâte à
papier, la confection d'emballages légers ou de panneaux de particules,
le chauffage et la production de biocarburant. De plus, ces plantations
permettent de soulager la pression exercée sur les forêts
naturelles pour la production de bois.
La sylviculture participant grandement à la production
d'énergies vertes (Bichat & Mathis, 2013), la demande en biomasse
végétale est prédisposée à devenir de plus
en plus importante dans les années à venir (Pouet, 2009). Pour
faire face à ce besoin, les sylviculteurs se sont tournés vers
des modes alternatifs de culture à courtes et très courtes
rotations. Le fonctionnement de ces plantations est basé sur des
récoltes plus fréquentes et des densités plus
élevées qu'en sylviculture classique. Le principe est simple, les
arbres sont laissés à la pousse durant 7 à 8 ans pour les
taillis à courte rotation (TCR) et 2 à 4 ans pour les taillis
à
2
très courte rotation (TTCR) puis sont coupés
à la base du tronc. Des pousses secondaires vont alors repartir de la
souche qui seront de nouveau coupées 7 à 8 ans (TCR) ou 2
à 4 ans plus tard (TTCR). Au bout de plusieurs rotations (environ cinq
pour les TTCR), les arbres sont remplacés par des nouveaux. Ce type de
plantation nécessite des essences à croissance juvénile
rapide et aptes au rejet de souche comme les peupliers. Ces itinéraires
de culture ont l'avantage de pouvoir s'adapter à des milieux non
exploitables par l'agriculture, d'être plantés en forte
densité et de constituer un pool d'approvisionnement rapide et
facilement mobilisable.
Cependant, la hausse des températures risque de
favoriser l'apparition d'évènements climatiques
sévères tels que des périodes de sécheresses et
d'inondations (Grésillon et al., 2007). Cela constituerait une
menace pour la production de la biomasse végétale qui risque
fortement de diminuer (GIEC, 2014). Le peuplier étant une espèce
pérenne et sessile, sa stabilité dépend des performances
du matériel génétique planté notamment face aux
aléas climatiques (Liu & El-Kassaby, 2019 ; Alberto et al.,
2013). Il doit utiliser les ressources à sa disposition de
manière stratégique afin d'optimiser sa croissance et de
s'acclimater aux contraintes liées aux changements climatiques. Le
métabolisme et l'allocation du carbone chez les plantes constituent un
élément clé pour l'acclimatation. Les réserves
carbonées sont principalement de nature glucidique, azotée, et
lipidique et sont le produit d'une accumulation de ressources pouvant
être mobilisées lorsque la disponibilité en nutriments
vient à baisser. Parmi ces réserves, les glucides non-structuraux
(NSC) sont de loin la forme la plus étudiée. Au cours de la
photosynthèse, le CO2 prélevé dans l'air est converti en
NSC (majoritairement les sucres solubles et l'amidon) constituant une
réserve énergétique et servant à la croissance ou
à la réponse aux stress environnementaux (Hartmann &
Trumbore, 2016). Le peuplier est un arbre qui stocke surtout l'amidon ("starch
tree") (Geisler-Lee et al., 2006), ce qui n'est pas le cas de toutes
les espèces ligneuses. Les niveaux de réserves traduisent
l'état physiologique de la plante. Dans de bonnes conditions climatiques
le stockage des NSC se fait de façon passive une fois que tous les
besoins en carbone ont été satisfaits (Chapin et al.,
1990). La croissance de l'arbre est alors privilégiée même
si la construction des réserves se fait en parallèle (Barbaroux
et al., 2003). L'allocation aux réserves peut se faire
également de façon active au détriment de la croissance
lorsque les conditions sont défavorables (Wiley & Helliker, 2012).
Au même titre que l'environnement, l'âge de l'arbre va jouer un
rôle dans les variations de l'utilisation du carbone (Genet et
al., 2006). Le fait de cultiver les peupliers en pépinière
va donc inévitablement influer sur ces processus de stockage et de
croissance. L'étude des NSC peut permettre d'évaluer la
plasticité de cette stratégie chez le peuplier cultivé et
de comprendre et prévoir les réponses des arbres face à
des changement de paramètres environnementaux.
3
Les nouvelles mesures mises en place par la politique agricole
commune (PAC, 2021) promeuvent la culture des espèces ligneuses au sein
d'exploitations agricoles. Le peuplier est une essence emblématique en
France à la croissance juvénile très rapide, il est
à ce titre en haut de la liste pour les essais des nouveaux
systèmes de production de biomasse. Bien que ces derniers soient
très variés, nous nous sommes concentrés sur la culture en
taillis à très courtes rotations.
L'augmentation de la fréquence et de la durée
des épisodes de sécheresse estivales est un problème
environnemental majeur pour les plantations. L'avancée du
réchauffement climatique fait que le peuplier ne se retrouvera plus
à terme dans des conditions propices à son développement.
Les conditions de l'insertion de ces itinéraires de culture dans les
exploitations agricoles restent donc à évaluer d'un point de vue
environnemental. Il serait à ce titre nécessaire de
déterminer les cultivars les plus productifs et aptes à
s'acclimater aux conditions environnementales futures.
Mon stage s'inscrit dans le cadre d'un projet
d'intérêt régional (APR-IR 2017 région CVL)
coordonné par l'équipe ARCHE (Arbres et Réponses aux
Contraintes Hydriques et Environnementales) du LBLGC (Laboratoire de Biologie
des Ligneux et des grandes Cultures). Le projet a pour objectif
général d'identifier des leviers génétiques pour
l'amélioration de (1) l'empreinte environnementale des plantations (en
termes d'eau, d'éléments minéraux), (2) la
résilience des plantations (tolérance à la
sècheresse), et (3) le rendement de conversion en énergie de la
biomasse, notamment via la production de bioéthanol. La réponse
à l'environnement est abordée au travers de plusieurs
caractères clés, notamment la dynamique des réserves. Le
but de mon stage était d'effectuer des dosages glucidiques sur le bois
de 44 génotypes de peupliers élevés en TTCR sur deux sites
contrastés pour leurs conditions météorologiques et
pédologiques (contexte « pédoclimatique ») afin de
faire une évaluation variétale de l'effet des conditions
climatiques et du génotype.
Nous testerons plusieurs hypothèses :
? Les conditions pédoclimatiques défavorables
poussent les peupliers à puiser dans leurs réserves d'amidon
alors qu'en conditions favorables, les arbres n'en ont pas besoin.
? Il y aura des variation phénotypiques entre les
génotypes au sein d'un même site de culture en ce qui concerne
l'allocation des glucides.
? La constitution des réserves de NSC est
privilégiée par rapport à la croissance en conditions
défavorables et inversement en conditions favorables.
4
II. Matériels et méthodes
1. Présentation des sites
expérimentaux
Afin de répondre à ces objectifs, deux sites
expérimentaux ont été considérés (Figure 1)
: l'un près de Dijon à Échigey (Côte-d'Or (21))
installé en 2009 et l'autre près d'Orléans à Saint
Cyr-en-Val (Loiret (45)) installé en 2010 (Annexe 1). Compte tenu des
dates de mise en culture décalées d'un an, les
échantillonnages et les mesures décrites dans le cadre du stage
ont aussi été réalisées en respectant ce
décalage afin de comparer les systèmes au même
âge.
Les sites d'Echigey et de Saint Cyr-en-Val présentent
des conditions pédoclimatiques très contrastées. La
composition des couches supérieures du sol a été
analysée à deux reprises (2009 et 2015) sur chaque parcelle. Les
résultats ont révélé que le sol à
Échigey était de type limono-argileux (5.8 % de sable, 42.5 % de
limon, 51.7 % d'argile) et que celui de Saint-Cyr-en-Val était de type
sablo-argileux (65.2 % de sable, 25.3 % de limon, 9.5 % d'argile) (Toillon
et al., 2016) entrainant chez ce dernier une saturation en eau l'hiver
et un assèchement édaphique en été, qui sont des
caractéristiques hydrodynamiques attendues dans le cas d'un
réchauffement climatique. Les précipitations estivales sont
également en moyenne deux fois plus faibles à Saint Cyr-en-Val
qu'à Échigey entraînant d'importantes différences
entre les deux sites en termes de teneurs en eau du sol (Toillon et
al., 2013).
Figure 1 : Localisation des sites
expérimentaux basés à Saint Cyr-en-Val (?) et
Echigey (?).
5
2. Présentation du matériel
végétal et du dispositif expérimental
Chaque site comprenait une plantation de type TTCR identique
comprenant 60 génotypes de peupliers. Les génotypes
étudiés ont été créés
artificiellement par croisements interspécifiques. Parmi les 60
génotypes, 58 étaient issus de croisements P. deltoides
X P. nigra et 2 autres génotypes (Skado et Bakan)
étaient issus d'un croisement P. trichocarpa x P.
maximoviczii. Dans le cadre du projet et du stage, seuls 44
génotypes ont été étudiés : 40
génotypes non commercialisés en cours de test et issus du
programme d'amélioration génétique français
géré par le GIS peuplier, et 4 variétés
commerciales références.
Chaque plantation est organisée de façon
comparable et comprend 10 blocs, chaque bloc comprenant une copie clonale de
chaque génotype distribuée aléatoirement (dispositif en
blocs randomisés complet) afin de rendre indépendant les effets
micro-environnement (vent, ombre, insectes...) des effets génotypes. Sur
les 10 copies clonales disponibles pour chaque génotype, seules cinq ont
été échantillonnées de façon à
respecter la variabilité interindividuelle existante. Les
génotypes étudiés sont donc les mêmes d'une parcelle
à l'autre afin de s'assurer qu'une différence de résultat
entre Echigey et Saint Cyr-en-Val est directement liée aux effets de
l'environnement pédoclimatique.
3. Echantillonnages
Lors d'une culture en taillis à très courte
rotation, les arbres sont coupés à 10 cm du sol. De la souche
repartent alors plusieurs tiges (rejets de souche) plus ou moins
épaisses qui seront de nouveau coupées deux à quatre ans
plus tard (Figure 2). L'échantillonnage a été
réalisé à partir d'un morceau du tronc du brin dominant en
sortie d'hiver 2018 (pour ECH) et 2019 (pour SCV). Les taillis avaient alors
neuf ans et avaient déjà subi deux rotations. Le tronc des arbres
fait partie des organes pérennes pouvant stocker l'amidon et les sucres
solubles qui s'accumulent en fonction des saisons (Sauter & Neumann, 1994 ;
Sauter & van Cleve, 1994). Les échantillons ont été
conservés dans de la carboglace sur le terrain, puis au
congélateur (à -20°C) avant d'être lyophilisés
et réduits en poudre fine. À noter que l'écorce n'a pas
été enlevée avant le processus.
6
Figure 2 : Schéma explicatif de la culture en
taillis à très courte rotation
4. Dosage des glucides non structuraux
Le détail des protocoles est disponibles en Annexe 2.
Sucres solubles
Le protocole suivant a été adapté
à partir des travaux de Monsigny (1988). Pour chaque échantillon,
20 mg de poudre ont été pesés auxquels on a rajouté
1ml d'éthanol 80%. L'extraction des sucres solubles se faisant à
l'éthanol chaud, les tubes ont donc été chauffés
à 90°C au bain marie sec pendant 10 minutes puis ont
été passés à la centrifugeuse (10900 rpm) durant 10
minutes supplémentaires. Le surnageant contenant les composés
solubles a été transvasé dans un autre tube puis
l'extraction a été réalisée une deuxième
fois afin de récupérer les sucres qui étaient
restés dans le culot. Le dosage se fait à partir des deux
surnageants préalablement mélangés par un test
colorimétrique en plaque multi-puits après incubation à
90°C au résorcinol et à l'acide sulfurique
(H2SO4). Les absorbances sont lues au spectrophotomètre
à 480 nm.
Amidon
Après avoir récupéré et
séché les culots obtenus suite à l'extraction des sucres
soluble, de l'á-amylase thermostable et de l'amyloglucosidase (kit
Megazyme®) ont été ajoutés pour hydrolyser l'amidon
en D-Glucose. Les réactions se font également à chaud
(respectivement 90 et 50°C) et le dosage se fait par test
colorimétrique en plaque multi-puits avec des triplicats techniques
après incubation à 50°C et réaction avec la solution
de GOPOD (kit Megazyme®). Les absorbances sont lues au
spectrophotomètre à 510 nm.
7
5. Estimation des quantités de réserves
dans les arbres
La moyenne des résultats d'absorbance obtenus a ensuite
été rapportée à la masse en mg des
échantillons de bois. Les résultats sont exprimés en
grammes équivalent glucose pour 100 grammes de matière
sèche.
Sucres solubles
Une gamme étalon a été
réalisée avec des concentrations décroissantes de
D-Glucose (5, 2.5, 1.25, 0.625, 0.3125, 0.156 et 0.078 mg/ml) et lue au
spectrophotomètre en même temps que les échantillons.
La formule pour déterminer les pourcentages en sucres
solubles (SS) dans la matière sèche est la suivante :
% SS =
((ÄA/Y)/W)*100
|
ÄA Moyenne des absorbances - moyenne des blancs
Y Pente de la courbe de tendance de la gamme étalon
W Masse en mg des échantillons (20 mg #177; 0.5mg)
|
Amidon
|
La formule, pour déterminer le pourcentage d'amidon dans
la matière sèche, est la suivante :
% Amidon =
ÄA*(VF/0.005)*G*(1/1000)*(100/W)*(162/180)
= (ÄA*G*VF*18)/W
G = 5 ìg de D-Glucose/Absorbance des 5 ìg de
D-Glucose
VF = volume final de solution (1.33ml)
0.005 = Volume en ml de l'échantillon analysé
1/1000 = Conversion des ìg en mg
100/W = Facteur pour exprimer l'amidon en pourcentage de
matière sèche
162/180 = Ajustement du D-Glucose libre en D-Glucose anhydre
(comme présent dans
l'amidon)
NSC totaux
Les NSC correspondent à la somme des sucres solubles et
de l'amidon et sont exprimés en grammes équivalent glucose pour
100 grammes de matière sèche.
6. Analyses statistiques
Les données ont été visualisées et
analysées à l'aide du logiciel RStudio avec les packages ggplot2
(Wickham, 2016) pour les représentations graphiques et Rmarkdown afin de
générer des fichiers de sorties. Les tests statistiques ont
été considérés comme significatifs dès lors
que la p-value était inférieure au risque á = 0.05.
8
L'exploration des données individuelles et
l'identification d'éventuelles valeurs aberrantes a été
réalisé à l'aide de dotplots (Annexe 3). Les
données individuelles ont ensuite été moyennées
afin d'obtenir des moyennes génotypiques par site. La variabilité
entre génotypes et entre sites a ensuite été
évaluée à la fois graphiquement à l'aide de
boîtes à moustache et numériquement par analyse de variance
(ANOVA) afin de mettre en relation les différentes variables
quantitatives (pourcentages des sucres solubles, de l'amidon et des NSC totaux)
et qualitatives (site et génotypes).
Une ANOVA (Analyse de Variance) à deux facteurs
(Génotype + Site + Génotype × Site) a été
exécutée afin d'évaluer la significativité des
effets observés. Le modèle est complet dans la mesure où
on teste à la fois l'effet génotype, l'effet site ainsi que
l'interaction Génotype x Site.
Les relations entre les teneurs en réserves glucidiques
dans le bois et la croissance des arbres ont été
évaluées graphiquement (nuage de points) et numériquement
à l'aide d'un test de corrélation linéaire (coefficient de
corrélation de Pearson).
III. Résultats
1. Effets génotypes, site et interaction
génotype x site pour les concentrations en réserves
glucidiques
L'effet du génotype sur les teneurs en réserves
glucidiques se traduit par l'éclatement des points sur un même
site (Figure 3). D'après les tests statistiques, la différence de
concentration en sucres solubles, en amidon et en NSC totaux était au
minimum significative entre les génotypes. Globalement, l'amplitude des
variations génotypique était comparable aux deux sites.
L'effet du site sur les teneurs en réserves glucidiques
est représenté par la position relative des boîtes à
moustaches bleue (ECH) et rouge (SCV) pour une même variable (Figures 3A,
B ou C). Les différences de concentration en sucres solubles, en amidon
et en NSC totaux entre les deux sites étaient hautement
significatives.
De manière générale, la concentration en
sucres solubles était plus importante sur le site de Saint Cyr-en-Val
que sur le site d'Echigey et à l'inverse, la concentration en amidon
était plus importante sur le site d'Echigey que sur celui de Saint
Cyr-en-Val. Pour ce qui est des NSC totaux, on retrouvait un résultat
très similaire à celui des sucres solubles.
Les droites visibles sur la Figure 3 illustrent la
réponse des génotypes d'un site à l'autre et permettent
d'évaluer graphiquement en première approche les interactions
Génotype X Environnement. Bien que les droites n'étaient
parallèles les unes aux autres pour aucune des trois variables, seul
l'amidon montrait une interaction Génotype X Site significative.
9
10
Figure 3 : Concentration en sucres solubles,
amidon et sucres totaux (NSC) chez 44 génotypes de peuplier
cultivés en taillis à très courte rotation (TTCR) sur deux
sites (ECH vs. SCV). Les « encoches » (notchs) des
boîtes à moustaches correspondent à l'intervalle de
confiance à 95% autour de la médiane. Chaque point correspond
à une moyenne génotypique. Les traits qui relient les
génotypes entre eux constituent un diagramme d'interaction. Une ANOVA a
été réalisée pour déterminer la
significativité des effets Génotype (G), Site (S) et de
l'interaction Génotype x Site (GS). Seuils de significativité : *
P = 0.05 ; ** P = 0.01 ; *** P = 0.001 ; ns : non significatif.
2. Relations entre la teneur en sucres solubles, amidon
ou glucides totaux et la croissance
Lors de la culture en taillis à très courte
rotation, il y a toujours parmi les rejets de souches un brin dominant plus
gros que les autres. C'est ce brin qui a été
récolté et pesé au moment des échantillonnages. La
masse du brin dominant a été déterminée car elle
donne une bonne indication de la croissance du taillis. Les données de
croissance aux deux sites sont présentées Figure 4. A partir de
cette figure, on remarque plusieurs choses : (1) la croissance est plus
importante à ECH qu'à SCV, (2) la variabilité
génotypique s'exprime mieux à ECH, et (3) tous les
génotypes ne présentent pas les même performances relatives
d'un site à un autre (interaction Génotype X Site
significative).
11
Figure 4 : Performances de croissance pour les 44
génotypes de peuplier en cultivés en taillis à très
courte rotation (TTCR) sur deux sites de culture (ECH vs. SCV).
Les « encoches » (notchs) des boîtes à
moustaches correspondent à l'intervalle de confiance à 95% autour
de la médiane. Chaque point correspond à une moyenne
génotypique. Les traits qui relient les génotypes entre eux
constituent un diagramme d'interaction. Une ANOVA a été
réalisée pour déterminer la significativité des
effets Génotype (G), Site (S) et de l'interaction Génotype x Site
(GS). Seuils de significativité : * P = 0.05 ; ** P = 0.01 ; *** P =
0.001 ; ns : non significatif.
Les teneurs en réserves glucidiques ont ensuite
été mises en relation avec à les données de
croissance (masse sèche du brin dominant) (Figure 5). Les relations sur
le site d'ECH étaient toutes significatives, les arbres poussant
davantage ayant tendance à présenter des teneurs en sucres
solubles, en amidon et en NSC totaux plus faibles. En revanche, aucune relation
significative n'a pu être observée sur le site de SCV.
Figure 5 : Diagramme de corrélation entre
la concentration en sucres solubles (SS), amidon ou NSC totaux et la biomasse
du brin dominant à chacun des sites d'étude (ECH vs. SCV).
Les données correspondent aux moyennes
génotypiques (n = 44). En rouge, le site de Saint Cyr-en-Val (SCV), en
bleu, le site d'Echigey (ECH). Le r correspond au coefficient de
corrélation de Pearson. Seuils de significativité : * P = 0.05 ;
** P = 0.01 ; *** P = 0.001 ; ns : non significatif.
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IV. Discussion
A Saint Cyr-en-Val, il y a beaucoup d'eau stagnante en hiver
et une sécheresse édaphique en été. Ceci s'explique
par la composition du sol. En effet, les 40 premiers centimètres sont
composés de sable qui est un matériau très drainant.
Cependant, en-dessous de cette couche de sable, il y a une épaisse
strate d'argile, ce qui fait que de l'eau a plus tendance à être
retenue dès lors qu'il y a de fortes précipitations ou bien en
hiver lorsque le sol est saturé. De plus, un étang se trouve non
loin de la parcelle provoquant des remontées capillaires d'eau et
formant une nappe affleurante. Les peupliers sont inféodés aux
zones humides mais ne supportent pas l'eau stagnante, ils ont besoin qu'elle
soit continuellement renouvelée. En été, les sols sont
asséchés dû à l'horizon superficiel très
perméable. L'eau qui est retenue dans la glaise en profondeur n'est pas
du tout disponible pour les plantes. Les sols argileux ont beau avoir une forte
capacité de rétention de l'eau, leurs réserves
mobilisables ne constituent que la moitié de ce qu'ils peuvent retenir.
L'eau est le paramètre le plus limitant pour la production de biomasse
végétale ce qui fait que les arbres qui sont exposés
à des épisodes de sécheresse et qui ne peuvent les
éviter modifient leur stratégie d'utilisation du carbone. Au
contraire, à Echigey, le sol est bien équilibré avec un
pourcentage limoneux plus élevé. La couche d'argile se trouve
également plus profondément, n'empêchant pas l'eau de
circuler.
1. Variabilité génétique et
plasticité phénotypique des réserves glucidiques
À la suite des dosages glucidiques
réalisés sur les arbres des deux sites, nous avons observé
qu'il existait de la variabilité entre les génotypes sur les deux
sites quelle que soit la variable (sucres solubles, amidon et NSC).
Les résultats obtenus pour les NSC étaient
à chaque fois sensiblement ressemblant à ceux des sucres solubles
sur les deux sites. Cela peut s'expliquer par le fait que ces derniers
représentent la part la plus importante dans les NSC totaux en
comparaison de l'amidon. Cependant, ces résultats sont en contradiction
avec ceux trouvés chez d'autres espèces ligneuses en 2012 (Sala
et al.). En effet, cette étude a mesuré la composition
des NSC sur diverses espèces d'arbres sur une période d'un an et
révèle une quantité plus importante d'amidon par rapport
aux sucres solubles. Elle n'a cependant pas été
réalisée chez le peuplier.
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Les peupliers cultivés en TTCR à ECH avaient en
moyenne une plus faible quantité de sucres solubles stockés que
ceux à SCV alors qu'on retrouvait le schéma inverse pour ce qui
est de l'amidon. On peut alors supposer que les conditions hydriques
défavorables font augmenter les réserves en sucres solubles et
baisser les réserves d'amidon. Ceci pourrait s'expliquer par le fait que
lorsqu'il y a un manque de nutriments, l'arbre vient puiser dans ses
réserves pour pouvoir continuer à alimenter ses tissus. L'amidon
est une macromolécule de réserve, pour la déstocker, la
plante a besoin de l'hydrolyser, obtenant ainsi du D-Glucose et faisant
augmenter son stock de sucres solubles. Les variations des teneurs en amidon et
en sucres solubles en fonction de la disponibilité en eau dans notre
étude étaient conformes à celles déjà
observées chez le peuplier dans une étude
précédente (Bouyer, 2019). Elle montrait qu'en condition de
sécheresse modérée, les teneurs en amidon diminuaient mais
les NSC persistaient principalement grâce à un pool
réfractaire de sucres solubles. Ceci confirme la première
hypothèse suggérant que les conditions pédoclimatiques
contrastantes des deux sites provoqueraient une mobilisation différente
des glucides.
En plus de cela, bien qu'il y ait un sens de variation moyen
entre site, tous les génotypes ne répondaient pas
nécessairement dans le même sens. Plus précisément,
certains génotypes voyaient leurs stocks d'amidon baisser à SCV
par rapport à ECH alors que d'autres suivaient le schéma inverse.
Cette interaction génotype x environnement n'est pas significative pour
les sucres solubles et les NSC bien que le diagramme d'interaction semble nous
montrer le contraire puisque plusieurs droites se croisent. Cette
non-significativité pourrait s'expliquer par une amplitude de
concentrations trop faible. Il existe donc de la variation
génétique pour la plasticité phénotypique. La
question sera de savoir dans quelle mesure cette plasticité peut
être reliée aux performances et les génotypes
présentant des sens de réponse très différents
constitueront à ce titre des candidats intéressants à
étudier davantage.
2. Relations entre NSC et croissance
La diminution du pool d'amidon et l'augmentation du stock de
sucres solubles sont une caractéristique typique des arbres en
état de stress abiotique (Dietze, 2014). Lorsqu'ils se retrouvent
contraints à puiser dans leurs réserves, leur croissance est en
général restreinte pour ne pas épuiser trop vite les
ressources. Ce que nous voulons savoir, c'est si la croissance des peupliers
élevés à SCV a été passée au second
plan par rapport à leur survie.
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Pour cela, on est allé vérifier si dans un
premier temps il y avait une différence de croissance entre les deux
sites, ce qui est le cas. A Echigey, les arbres ont en moyenne mieux
poussé qu'à Saint Cyr-en-Val. Cependant, la croissance relative
des arbres en milieux favorable et défavorable dépend de
l'espèce. En effet, une étude montrait que pour deux
espèces de pins, l'une poussait plus haut en condition de
sécheresse, et l'autre poussait mieux en condition hydrique non
limitante (Piper, 2017). Ensuite, nous nous sommes demandé si cette
différence est directement ou indirectement liée à
l'utilisation des réserves glucidiques de l'arbre. D'après Wiley
et Helliker (2012), la croissance de l'arbre peut être limitée par
la disponibilité du carbone au sein de la plante ou par sa
capacité à utiliser le carbone dont elle dispose en raison d'un
manque de nutriments, de conditions environnementales ou de contraintes
développement. La croissance des arbres ayant des niveaux de NSC plus
élevés peut être plus limitée en carbone que celle
des arbres ayant des niveaux de NSC plus faibles. On a donc
réalisé un diagramme de corrélation entre la masse du brin
dominant et la quantité de sucres solubles, d'amidon et de NSC. Il s'est
avéré qu'il y avait bien une corrélation négative
significative quelle que soit la variable, mais uniquement sur le site
favorable d'ECH. La plus faible variabilité pour la croissance
observée à SCV explique probablement en partie l'absence de
relation significative, mais cela signifie surtout que les teneurs en
réserves glucidiques ne sont pas nécessairement liées
à la croissance et que cela dépend du contexte
environnemental.
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V. Conclusion et perspectives
Nous avons observé qu'en moyenne, des conditions
défavorables provoquent une diminution des réserves d'amidon et
une augmentation du stock de sucres solubles chez les peupliers
élevés en TTCR. Cela pourrait s'expliquer par le fait que les
arbres qui sont en conditions de stress abiotique hydrolyseraient leurs
réserves d'amidon en sucres solubles pour pallier ce manque de
nutriments. Cependant, tous les génotypes ne répondent pas de la
même manière en fonction du site pour ce qui est de l'allocation
du carbone aux réserves d'amidon. Cela traduit un effet d'interaction
entre le génotype et les conditions pédoclimatiques.
Les arbres étant en moyenne plus petits à Saint
Cyr-en-Val qu'à Echigey, nous avons voulu voir si les teneurs
glucidiques et la croissance de l'arbre sont corrélées et il
s'est avéré que c'était le cas seulement dans des
conditions favorables. En effet, à Echigey, les arbres qui avaient une
croissance rapide avaient tendance à avoir des réserves
glucidiques plus faibles. En conditions défavorables, il n'y a aucune
corrélation entre la teneur en glucide et la croissance.
Cette étude montre donc qu'il y a des effets
d'interaction génotype x site de culture sur les réserves
carbonées et la croissance des peupliers.
Dans le cadre de ce stage, j'ai travaillé uniquement
sur la culture en TTCR. De ce fait, les résultats ne représentent
pas tous les itinéraires sylvicoles. Durant le stage, la même
étude a été réalisée sur les TCR en
parallèle des TTCR par ma camarade Clémentine Moreau. Les
résultats sont très différents et parfois même
inversés indiquant une interaction supplémentaire génotype
x environnement x itinéraire cultural. On pourrait alors se questionner
sur les itinéraires de cultures les plus adaptées à un
changement climatique.
Ce travail n'a porté que sur les réserves
glucidiques car le peuplier fait surtout des réserves d'amidon mais oe
ne sont pas les seules réserves impliquées dans le
développement de l'arbre. Au cours du stage, nous avions
également commencé les dosages des lipides (qui constituent
davantage des réserves sur le long terme) mais par manque de temps et en
raison de quelques problèmes techniques, nous n'avons pas pu finir. Il
serait également intéressant d'approfondir le sujet en mesurant
les teneurs en réserves azotées.
Pour finir, mon travail s'intègre de façon
générale dans des projets de recherche plus larges (2E-BioPop et
PRESTO) et mes données seront mises en lien avec celles
déjà obtenues dans le but d'identifier et sélectionner du
matériel végétal performant adapté aux exigences
climatiques et à des usages spécifiques.
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