Chapitre II : Matériel et méthodes
Figure 10: Carte de la zone d'étude
montrant les douze (12) localités prospectées (Photo Akakpo,
2019)
2. Matériel végétal
L'étude a été réalisée
essentiellement sur le gombo. Une jeune feuille de gombo présentant des
symptômes caractéristiques d'une infection à
Begomovirus et une jeune feuille asymptomatique ont été
collectées par plant sur les parcelles prospectées.
3. Matériel de laboratoire et de
prospection
Le matériel de laboratoire est constitué
principalement des outils du plateau technique du Laboratoire de Virologie et
de Biotechnologie Végétale (LVBV) et du Laboratoire Mixte
International (LMI) pour les analyses moléculaires. Le matériel
de prospection a été composé de fiches
d'échantillonnage et de collecte des données, un appareil
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Chapitre II : Matériel et méthodes
photo numérique, un GPS (GARMIN 62s), des enveloppes,
un stylo à bille, un marqueur et un sac en jute pour le transport des
échantillons.
II. Méthodologie
1. Collecte des échantillons
Au total 118 échantillons (tableau IV) de jeunes
feuilles (une feuille par échantillon) de gombo (Abelmoschus
esculentus (L.) Moench) présentant des symptômes
caractéristiques d'une infection à Begomovirus
(repliement foliaire, enroulement et/ou jaunissement) et des feuilles
asymptomatiques ont été collectées. La collecte a
été effectuée selon la méthode
d'échantillonnage basant sur les diagonales `X' décrite par
Sseruwagi et al (2004). Les feuilles échantillonnées ont
été photographiées, mises dans des enveloppes et les
coordonnées géographiques des localités prospectées
ont été notées à l'aide d'un GPS (GARMIN V.62s).
Sur chaque enveloppe a été inscrit le nom de la localité,
numéro de l'échantillon et les coordonnées
géographiques. Les échantillons prélevés ont
été convoyés puis séchés à
l'étuve à 37°C pendant 5 jours.
Tableau IV : Répartition des
échantillons collectés suivant les zones agroécologiques
et les localités
|
Zones agro
écologiques
|
Localités
|
Nombre d'échantillons
|
Date de
collecte
|
Référence GPS
|
|
Infectés
|
Saines
|
Total
|
|
RH
|
RB
|
JN
|
|
Savane sèche
|
Kantindi
|
3
|
3
|
3
|
1
|
10
|
06/07/2018
|
N10°54.625/E000°16.353/276m
|
|
Batambouaré
|
3
|
2
|
2
|
1
|
8
|
23/07/2018
|
N10°49,129/E000°14,359/274m
|
|
Nanergou
|
3
|
3
|
3
|
1
|
10
|
23/02/2018
|
N10°53.377/E000°15.945/282m
|
|
Savane humide
|
Agbo
|
3
|
3
|
3
|
1
|
10
|
13/07/2018
|
N07,51363°/E001,14212°/893
|
|
Talo
|
3
|
3
|
3
|
1
|
10
|
13/07/2018
|
N07,48825°/E001,15353°/822
|
|
Kolokopé
|
3
|
3
|
3
|
1
|
10
|
20/07/2018
|
N07,40802°/E000,60630°/554
|
|
Anie
|
3
|
3
|
3
|
1
|
10
|
20/07/2018
|
N07,77417°/E001,22226°/584
|
|
Forêt
|
Kpété-béna
|
3
|
3
|
3
|
1
|
10
|
14/07/2018
|
N07,42464°/E000,60711°/832
|
|
Otandjobo
|
3
|
3
|
3
|
1
|
10
|
16/07/2018
|
N07,42397°/E000,60704°/1492
|
|
Littorale
|
Tsévié
|
3
|
3
|
3
|
1
|
10
|
10/07/2018
|
N06°26,521/E001°12,179/104m
|
|
Adetikopé
|
3
|
3
|
3
|
1
|
10
|
10/07/2018
|
N06°18,756/E001°13,512/53m
|
|
Djagble
|
3
|
3
|
3
|
1
|
10
|
10/07/2018
|
N06°15,046/E001°16,613/23m
|
RH=Repliement vers le haut ; RB= Repliement vers le bas ;
JN=Jaunissement 2. Extraction des ADNs totaux
L'extraction de l'ADN total des échantillons de
feuilles de gombo collectées a été réalisée
selon le protocole de Doyle et Doyle (1987) modifié pour l'extraction
d'ADN au
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