b.2 SINEs (Short Interspersed Nuclear Elements):
Les SINE font généralement environ 500 pb de
longueur. Ils sont des éléments non autonomes qui ne
possèdent pas de cadre de lecture, et sont composés de deux
«boîtes» A et B consensus du promoteur (deux sites de fixation
à l'ARN polymérase III) et d'une queue polyA à
l'extrémité 3'. Les SINE ne contiennent pas de terminateur de
transcription pour l'ARN polymérase III. Ils dérivent presque
tous des ARN de transfert (Okada 1991) excepté l'élément
Alu des primates et la famille B1 des rongeurs qui
dérivent de l'ARN 7SL (Ullu et Tschudi 1984). Les SINEs
dérivés d'ARNt ont une structure composite comportant une
région homologue à un ARNt, une région « core »
conservée de fonction inconnue, une région non homologue à
un ARNt et une zone de taille variable AT riche en 3'. La zone homologue
à un ARNt contient le promoteur interne d'ARN polymérase III. Ces
éléments non autonomes utilisent vraisemblablement la
transcriptase inverse des LINEs pour se déplacer (Okada et al.
1997). Les SINE représentent 13% du génome humain et les
éléments les plus abondants sont les éléments
Alu et ils sont appelés ainsi car ils contiennent un site qui
est reconnu par un enzyme de restriction qui est Alu I. Cette séquence
est spécifique au génome des primates.
Chez l'homme, les Alu sont responsables de 0,1 à
0,3% des maladies (ROY et al. 1999).
Figure 3 : Structure des
éléments transposables de classe I et leurs nombres de copies
dans le génome humain. (Insuk et al. 2003)
2.2 Les éléments de classe II :
La classe II comporte les éléments se
déplaçant par un intermédiaire ADN. Ils sont directement
excisés puis introduits à un autre endroit du génome
grâce à une transposase. Ce mécanisme est appelé
transposition selon le mode couper-coller. Ces éléments sont plus
petits que les rétrotransposons. Ils possèdent à chacune
de leurs extrémités de courtes séquences
répétées inversées de quelques dizaines à
quelques centaines de paires de base (ITR : Inverted Tandem Repeat). On trouve
généralement dans leur séquence un seul cadre de lecture
qui code pour la transposase (figure 4). Celle-ci se fixe au niveau de
séquences spécifiques près des ITR. Cette classe regroupe
un ensemble de superfamilles hétérogènes dont les
éléments les plus caractéristiques sont
l'élément Ac du maïs et les éléments
P et mariner de la drosophile. Les bactéries peuvent
comporter deux types de transposons : les IS (Mahillon et Chandler
1998) et les Tn, qui sont des éléments composites
pouvant comporter un gène de résistance à un antibiotique
ou à des métaux lourds.
Figure 4 : Structure des
éléments transposables de classe II et leurs nombres de copies
dans le génome humain. (Insuk L et al. 2003)
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