2.3.2 Approches du docking
Les différentes approches du docking se distinguent au
niveau de leurs conditions d'ap-plication et de la nature des informations
qu'elles peuvent fournir. La pertinence du choix d'un programme de docking
donnérepose en premier lieu sur l'adéquation entre ces
caractéristiques et celles du système étudié.
L'efficacitéde l'algorithme choisi sera par ailleurs un compromis entre
la rapiditéd'exécution et la précision des
résultats.
Aussi en fonction du but recherchéet du besoin de
précision voulu, trois degrés sont en général
considérés : rigide (les molécules sont
considérées comme rigides), semi-flexible (une molécule
rigide et l'autre flexible), flexible (les deux flexibles). Le niveau
semi-flexible est souvent appliquédans le cas protéine-ligand
oùune des deux molécules (le ligand) de taille moindre est
considérée comme flexible et la protéine comme rigide de
façon à ne pas trop complexifier le système.
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Le processus de docking consiste à faire interagir une
petite molécule organique avec le récepteur,
généralement de nature protéique. La technique de docking
comprend 4 étapes principales :
1. Préparer les fichiers pour la protéine.
2. Préparer les fichiers pour le ligand.
3. Préparer les fichiers de paramètres pour la
grille.
4. Préparer les fichiers de paramètres pour le
docking. Le schéma ci-après montre clairement les étapes
de docking.
FIGURE 4 - Étapes du Docking
2.3.3 Principe du docking
Le docking moléculaire s'accomplit en deux
étapes complémentaires. La première est le Docking,
qui consiste à rechercher les conformations du ligand capables
à établir des interactions idéales avec le
récepteur en utilisant des algorithmes de recherche: algorithme
génétique, la méthode de Monte Carlo (qui utilise des
procédés aléatoires)... La deuxième dite le
»Scoring», qui sont des méthodes mathématiques
et des fonctions discriminant les poses de docking correctes de celles
incorrectes. Ces méthodes sont utilisées pour estimer la
puissance d'interaction et l'affinitéde liaison et qui permet
d'évaluer les conformations par un calcul rapide d'énergie
d'interaction des ligands avec un récepteur pour ne retenir que la
meilleure.
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La formule utilisée pour le scoring est la suivante :
AG= Acomplexe - Aligand
- Aprotéine
La figure ci-dessous schématise le principe du
docking/scoring, oùR symbolise une structure du
récepteur. Tandis que, A, B et C représentent les petites
molécules.
FIGURE 5 - Illustration de docking/scoring
[6]
Le docking peut être interprétéde
manière qualitative par observation de l'entitéligand
dans la cavitéde la protéine, mais également de
manière quantitative par traitement des données provenant des
fonctions de scoring.
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