Développement d'un portail web pour le criblage virtuel sur la grille de calcul

Annexe

· Installation du client DIRAC :

Avant d'installer DIRAC, l'utilisateur doit respecter les conditions suivantes :

- Doit être un membre d'une organisation virtuelle par exemple : euasia,

biomed,...

Nous nous sommes enregistréauprès de la VO Biomed via le site :

https: // cclcgvomsli01. in2p3. fr: 8443/ voms/ biomed/ user/ home. action

- Possède un certificat X.509 reconnu par EGEE, afin de pouvoir utiliser les ressource de la grille EGEE.

> wget -np -O dirac-install https://github.com/DIRACGrid/DIRAC/ raw/integration/Core/scripts/ dirac-install.py --no-check-certificate > chmod +x dirac-install > dirac-install -r v6r11p3 > ./dirac-install > source bashrc > dirac-proxy-init -x > dirac-configure -V vo.formation.idgrilles.fr -S Dirac-Production -C dips:// ccdirac01.in2p3.fr:9135/Configuration /Server

· II

Script pour préparer les fichiers de grille et de docking »gpf et dpf»

#!/bin/sh

WORK DIR=`pwd`

MGTOOLS="/usr/local/MGLTools-1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/

Utilities24"

PYTHON="/usr/local/MGLTools-1.5.6/bin/pythonsh"

while getopts "l:r:" opt; do

case $opt in

l)

LIG FILE=$OPTARG

LIG BASE NAME=$(basename $LIG FILE)

LIG EXT=${LIG FILE##*.}

[ -f "${OPTARG}" ] && if [ "$LIG EXT" = "pdbqt" ];

then echo "Ligand file name " "$LIG FILE"

else echo "Check the ligand file and extension"

fi ;;

r)

PROT FILE=${OPTARG}

PROT BASE NAME=$(basename "$PROT FILE")

PROT EXT=${PROT BASE NAME##*.}

echo "Extension = $PROT EXT"

[ -f "$PROT FILE" ] && if [ "$PROT EXT" = "pdbqt" ];

then

echo "Protein file name " "$PROT FILE"

else

echo "Check the protein file and extension"

fi

;;

*)

echo "Require argument!!"

exit 1

;;

esac

done

shift $((OPTIND-1))

ulimit -s unlimited

cd $WORK DIR

$PYTHON prepare gpf4.py -l $LIG FILE -r $PROT FILE -o ResGrid.gpf

$PYTHON prepare dpf4.py -l $LIG FILE -r $PROT FILE -o ResDock.dpf

· III

Liste des jobs de docking soumis à travers le portail sur la grille de calcul et leur états.

·

IV

Résultats des jobs de docking stockés sur l'espace de stockage de la grille de calcul.