1.3 Plan du mémoire
Ce mémoire sera organiséen 4 parties
présentant respectivement : l'état de l'art,
implémentation & conception, démonstration &
résultats, conclusion & perspectives. Dans la première
partie, un état de l'art est présentéqui passe en revue le
criblage virtuel, le docking, suivie de l'outil AutoDock. Ensuite nous abordons
la technologie de grille de calcul, le portail GVSS et les plate-formes WISDOM
qui est déployée dans la découverte de nouveaux
médicaments et DIRAC. La deuxième partie du mémoire
présente l'implémentation du portail, qui se focalisera sur
l'architecture proposée, la conception et l'implémentation du
portail. L'avant dernière partie porte sur la démonstration du
portail muni des résultats obtenus. À la fin, ce mémoire
ce termine par une conclusion générale et quelques
perspectives.
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2 État de l'art
Aujourd'hui, les projets scientifiques produisent et analysent
une quantitéd'information sans précédent, ce qui
nécessite une puissance de calcul jamais vue auparavant. Les leaders
dans ce défi de traitement de données sont les expériences
du LHC au CERN, qui accumulent des dizaines de pétaoctets de
donnés chaque année. Cependant, il se révèle que
d'autres domaines scientifiques s'approchent aussi de ces limites. Par
conséquent les utilisateurs devons exploiter les ressources disponibles
à travers le monde de manière aisée et facile. Plusieurs
travaux existent qui illustrent le développement et le
déploiement des applications sur l'infrastructure de la grille de
calcul, et qui ont montréune utilisation efficace des ressources de
cette dernière. Les utilisateurs sont rarement experts en informatique
et en grille de calcul. Pour cette raison ils ont besoin d'un moyen qui
facilite l'accès aux ressources de la grille dont ils ont besoins d'un
coté, et qui cache la complexitéde l'in-frastructure sous-jacente
de l'autre coté. Dans cette partie, nous allons décrire en
détail la technique du criblage virtuel ainsi l'amarrage
»Docking», le principe de la grille de calcul et son
rôle dans la découverte de nouveaux médicaments pour les
maladies négilgées et dangereuses. Puis, nous présentons
le portail GVSS et la plate-forme WISDOM déployer pour accéder
aux services de grille de calcul et DIRAC.
· Nomenclature
- Ligand, une structure,
généralement une petite molécule qui se lie à un
site de liaison.
- Récepteur, une structure,
généralement une protéine qui contient le site de liaison
actif.
- Site de liaison, zones de protéines
actives qui interagissent physiquement avec le ligand pour la formation d'un
composé.
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