WISDOM (Wide In Silico Docking On Malaria) est une initiative
qui a étélancéen 2005 pour utiliser les nouvelles
technologies de l'information et dépolyer des applications de docking de
grande échelle, afin de chercher et de découvrir des
médicaments contre le plaudisme et d'autres maladies dites
négligées. Le but de WISDOM est de prouver la pertinence
de l'utilisation de la grille de calcul dans la recherche de médicaments
et de traitement pour les maladies dangereuses [8]. Il travaille en
étroite collaboration avec EGEE, et il fait usage de l'infrastructure
EGEE pour exécuter un grand nombre de données. WISDOM est
considérécomme une première étape pour mettre en
place une recherche de médicaments in-silico sur une
infrastructure de grille. La plate-forme WPE (WISDOM Production Environment),
développépar LPC (Laboratoire Clermont Ferrand-France), a
étéutiliséavec succès pour le projet WISDOM dans la
découverte de nouveaux inhibiteurs contre le Malaria. Cette plate-forme
fournit une couche entre les utilisateurs et l'environ-nement de la grille de
calcul afin de dissimuler sa complexité. Avec cette plate-forme les
utilisateurs peuvent facilement utiliser les ressources de la grille pour
effectuer leur calcul.
2.7.1.a Définition WISDOM
WISDOM est un intergiciel conçue comme un
environnement de gestion de l'expérience. Il gère les
données, les jobs, et partage la charge de travail sur toutes les
ressources intégrées, même si elles adaptent
différentes normes technologiques. Il est tout a fait possible de
construire des services web qui interagissent avec le
système. WISDOM est considérécomme un ensemble de services
génériques agissant comme un niveau d'abstraction pour
les ressources et offrant une gestion générique
des données et des jobs de sorte que les services d'applications peuvent
utiliser l'un des services sous-jacents d'une manière très
transparente [11]. L'initiative WISDOM comprend trois objectifs, l'objectif
biologique, qui consiste à proposer de nouveaux inhibiteurs pour une
famille de protéine produite par plasmodium, l'objectif
biomédical, qui repose sur le déployement d'une application de
docking in-silico sur une infrastructure de grille de calcul, et
l'objectif de grille, qui s'ap-puie sur le déploiement d'une application
très demandeuse en temps de calcul et générant une grande
quantitéde données pour tester l'infrastructure de grille et ses
services. Les utilisateurs ne sont pas en interaction directe avec les
ressources de la grille, et ils ne sont pas censés de savoir comment
cela fonctionne, car ils sont juste en interaction avec les services de haut
niveau, tout comme avec un autre service web.
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2.7.1.b Architecture WPE
L'environnement de production WISDOM (WPE) est
considérécomme un intergiciel installésur des ressources
de calcul pour gérer des données et des jobs et pour partager la
charge sur l'ensemble des ressources intégrées [24]. Il est
possible de construire des services web qui interagissent avec le
système. Les quatre composants principaux de WPE (WISDOM Production
Environment) sont [9] :
· Le gestionnaire des tâches »Task
Manager» interagit avec le client et accueille les tâches
créées par le client.
· Le gestionnaire de jobs »Job Manager»
soumet des jobs aux éléments de calcul (CE), du sorte que
les tâches gérées par le gestionnaire des tâches
seront executées.
· Le système d'information WIS »WISDOM
Information System» utilise AMGA »ARDA Metadata Grid
Application», pour stocker toutes les métadonnées
requises pour le gestionnaire de job.
· Le gestionnaire de données »Data
Manager», gère les fichiers sur la grille de calcul.
FIGURE 13 - Architecture WPE [9]
Tout d'abord, le module de gestionnaire de job »Job
Manager» reçoit les demandes et soumet les jobs pilotes
»pilot agents» sur la grille de calcul, afin de
réaliser des tâches dans le gestionnaire des tâches
»Task Manager». L'exécution de gestionnaire de job
nécessite un certificat qui correspond à l'organisation virtuelle
oùles jobs seront soumis. Ensuite, les tàaches sont
enregistrées et gérées par les gestionnaire des
tàaches. Un agent interagit avec le gestionnaire de tàache pour
récupérer une tàache et l'exécute sur la grille de
calcul. Après, le module WIS »WISDOM Information System»
enregistre les états des agents et contrôle l'information des
agents de pilotes sur la grille. Et le gestionnaire de données
gère les fichiers sur la grille en mode batch.
