2.5.8 Conclusion
Dans cette partie, nous avons vu que les besoins en puissance
de calcul pour la recherche scientifique fondamentale dépassent souvent
les possibilités qu'offre la technologie actuelle. La grille de calcul
bouleverse la façon dont les chercheurs accèdent à ces
ressources, elle reprend l'idée qu'une application lourde peut
être découpée en petites tâches isolées,
confiées à des ordinateurs différents à travers le
réseau. L'aspect économique est particulièrement
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séduisant puisqu'il s'agit d'utiliser la puissance de
calcul et les espaces de stockage inutilisés des ordinateurs d'un
immense parc informatique. La technologie de grille de calcul a
prouvéqu'elle est la meilleure technologie pour travailler sur divers
domaines : le commerce, les entreprises, formations, la science, la recherche
et le développement. La virtualisation élimine les limitations
géographiques et économiques des ressources. Elle aide les grands
projets à accomplir en peu de temps. Cette nouvelle technologie
élimine la dépendance de projet sur un serveur principal ou super
calculateur. Pourtant, la techno-
logie de grille a besoin de se concentrer sur les questions
de sécuritéet de confidentialitéà travers les
connexions Internet.
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2.6 Portail GVSS
Dans la découverte de médicaments, la
simulation de docking moléculaire est une méthode courante pour
prédire les potentiels interaction de petites molécules sur des
sites de liaison
de protéines. Cependant, la recherche de tous les
conformations optimales d'un composépourrait être un processus
long et onéreux. GVSS est un service pour le criblage virtuel
protéines-ligands à graned échelle
in-silico, il fournit un système de production pour
accélérer le processus de recherche de nouveaux
médicaments. Ce service de docking in-silico profite des
services de la technologie de grille de calcul, afin de raffiner la
découverte de médicaments. En outre, ces activités
facilite également plus d'applications biomédicales e-Science en
Asie.
2.6.1 Introduction
Depuis le premier défi de données mondial de la
grippe aviaire 2005, l'Academia Sinica Grille Centre de Calcul (ASGCC),
au sein de la collaboration EGEE, a étéconsacrée
àl'élaboration et le raffinage de criblage virtuel
pour les maladies négligées et émergentes
telles que la grippe aviaire, la fièvre dengue, etc.
La simulation de docking moléculaire est un processus qui prend du temps
pour une recherche exhaustive de toutes les conformations possibles d'un
composé. Toutefois, le processus massif in-silico
bénéfice du haut débit de la technologie de la grille
de calcul. Fournissant une puissance de calcul intensif et une gestion efficace
des données, l'e-infrastructure (EUAsia VO) pour la découverte
in-silico de médicaments pour les maladies
épidémique en Asie.
GAP (Grid Application Platform) et GVSS (Grid
enabled Virtual Screening Services) ont
étédéveloppés avec le moteur de docking d'AutoDock
3.0.5. GAP est un environnement de développement d'applications de haut
niveau pour la création de services d'application de la grille [7]. GVSS
est une interface graphique utilisateur de type Java, qui a
étéconçue pour la conduite de docking moléculaire
à grande échelle plus facilement sur l'environne-ment de grille
de gLite [7]. Les utilisateurs finaux utilisent GVSS sont autorisés
à spécifier la cible et la bibliothèque de
composés, mis en place des paramètres de docking, surveiller les
jobs de docking et les ressources informatiques, visualiser et affiner les
résultats de docking, et enfin de télécharger les
résultats finaux. Il existe d'autres enjeux à encourager les
activités biomédicales et intégrer plus davantage de
ressources dynamiques pour soutenir la simulation de criblage virtuel à
grande échelle en Asie. Par exemple, les scientifiques étudient
la nouvelle structure cible, par conséquent, il/elle doit savoir comment
modéliser la cible et la préparer en utilisant AutoDockTools.
On aurait aussi besoin d'une interface utilisateur conviviale pour
rejoindre et accéder à la collaboration, pour soumettre les jobs
de docking, suivre leur progrès, visualiser le docking et enfin analyser
les résultats.
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Les utilisateurs préparent les fichiers de criblage
virtuel dans l'interface utilisateur graphique GVSS, puis sélectionnent
les ressources de la grille de calcul pour soumettre des jobs. Ces jobs
informatiques sont gérés par GAP/DIANE pour distribuer les agents
de grille de calcul à la grille [18]. Les résultats de calcul
sont gérés par AMGA , qui est un catalogue de
méta-données pour stocker des éléments de stockage
[16].
FIGURE 11 - Portail GVSS
(http: // gvss2. twgrid. org/ )
Pour faire le docking moléculaire à grande
échelle qui fonctionne sur l'environnement de la grille, ASGC a
développél'application GVSS (Grid enabled Virtual Screening
Services) qui intégre l'intergiciel gLite DIANE2/GANGA et
AMGA d'EGEE. Toutes les tâches informatiques sont gérés par
GAP/DIANE afin de distribuer les Workers de la grille de calcul. Les
résultats de calcul sont gérés par AMGA, catalogue de
métadonnées pour stocker des éléments de stockage.
GVSS utilise Autodock également en tant que moteur d'amarrage. Le GVSS a
étécréépar l'intégration de plusieurs
frameworks conçus pour des applications de grille de calcul.
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