2.4.2 Conclusion
Comme nous avons mentionnédans la partie de docking,
l'amarrage avec AutoDock est une procédéqui comporte plusieurs
étapes. Ce qui nécessitera une préparation
préalable des fichiers pour le docking. Le processus de docking est un
sujet essentiel pour progrésser dans la compréhension des
mécanismes d'interaction moléculaires et pour le
développement
d'outils prédictifs dans le domaine de la médecine.
Dans cette partie, nous avons présentéla procédure du
docking avec AutoDock4.2 en utilisant l'outil AutoDockTools, et
nous
avons appliquéles étapes de docking sur un
exemple concret dans le but de comprendre cette technique. qui va nous aider
dans la prochaine phase de lancement des jobs sur la grille de calcul pour
faire le docking.
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2.5 Grille de calcul
2.5.1 Introduction
Les chercheurs travaillent sur la compréhension des
changements climatiques, les études océanographiques, la
surveillance et la modélisation de la pollution environnementale, la
science des matériaux, l'étude des procédés de
combustion, la conception de médicaments, la simulation des
molécules et le traitement de données dans le domaine de la
physique des particules. Ils ont étéconfrontés à
plusieurs problèmes informatiques, oùils avaient besoin de
processeurs plus puissants, de plus grandes capacités de stockage des
données, de meilleurs moyens d'analyse et de visualisation. Les
récents progrès de la technologie des réseaux très
haut débit courtes et longues distances ont rendu possible la
construction de systèmes répartis de hautes performances,
distribués à l'échelle planétaire dont certains des
constituants sont des grappes de PC ou des calculateurs parallèles.
Cependant les applications scientifiques parallèles sont par nature
gourmandes en ressources de calcul. Il peut être intéressant de
chercher à les exécuter dans le cas o'u les ressources locales,
cluster de laboratoire, centre de calcul ne suffisent plus. Néanmoins,
les ordinateurs d'une entreprise ne travaillent presque jamais à pleine
charge. Exploiter chaque seconde de latence permet de dégager de la
puissance de calcul, ainsi que des espaces de stockage considérables, le
tout pour un coût souvent inférieur à celui d'un
investissement pour l'acquisition d'un nouveau matériel. Les
technologies de grille de calcul ou »Grid Computing»,
permettent de mettre en partage, de façon sécurisée,
les données et les programmes de multiples ordinateurs, qu'ils soient de
bureau, personnels ou super-calculateurs. Ces ressources sont mises en
réseau et partagées grâce à des solutions logicielle
dédiées [5]. Elles peuvent ainsi générer, à
un instant donné, un système virtuel dotéd'une puissance
gigantesque de calcul et une capacitéde stockage en rapport pour mener
à bien des projets scientifiques ou techniques requérant une
grande quantitéde cycles de traitement ou l'accès à de
gros volumes de données.
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