Chapitre III : Modélisation booléenne
des règles d'association - 53 -
·
Inférence des
règles en arrière : C'est le rôle
du même CIE ; Pour induire les faits
hypothèses
le module
d'inférence utilise les mêmes
fonctions de
transition et mais en
permun ta t les
deux matrices
d'incidn e ces
d'entrée et de sortie.
Les avang ta es
de ce principe
boon lée basé
sur l'automate
cellulaire peuvn e t être récapu
it lés selon Benan mi a et
Atmani (200 8) comme suit
:
· La représenon
tati de la connn aissa ce
ainsi que son
conô tr le sont simp, les
sous forme de matrices
binaires exigeant
un prétraitement
minimal ;
· La facilité de
l'implémentation des
fonctions de tranon
siti et qui sont de
basse
compx, le ité
efficaces et robustes pour des valeurs extrêmes ;
· Les résultats
sont simples pour être
insérés et utilisés par
un système expert
;
· La matrice
d'incidence,
RE, facilite la transfoon rmati
de règles dans
des
expressions
équivn
ale tes boo léenn, es qui
nous permet
d'utiliser l'algb è
re de Boole élémentaire
pour examiner
d'autres
simplification.s
Chapitre IV : Conception et expérimentation du
système BIODM - 54 -
Chapitre IV.
Conception et expérimentation du système
BIODM
Une étude préalable des
caractéristiques des séquences biologiques était
nécessaire afin de comprendre les mécanismes régissant la
structure et le contenu des fichiers des séquences, et poser par la
suite des hypothèses de travail quant aux données
(séquences) utilisées. Cette étude a permis donc de
dégager des éléments importants, tels que les attributs,
les types de données utilisés, la taille, etc. Ces
éléments aident à structurer les données
nécessaires au futur système.
IV.1 Etude et choix des données biologiques pour
expérimentation
Nous avons fait une étude des
caractéristiques des séquences des souches du Mycobacterium
Tuberculosis à travers les gènes et protéines
associées. Cette étude a permis de cibler les données
à importer (voir Tableau 0.2), de la banque de données
NCBI, et qui pourraient réellement faire profiter notre
expérimentation. Pour cela, nous avons utilisé les souches
complètement annotées (voir Figure 0.2).
Ensuite, nous avons pris en considération non
seulement les gènes mais aussi les protéines. Il s'agit en fait
d'augmenter le gisement de données afin d'obtenir des connaissances
diversifiées et potentiellement utiles au spécialiste du
domaine.
1er aspect d'étude : les
gènes
La pathogénicité s'exprime par les
gènes responsables de l'invasion. Les gènes qui codent pour des
toxines impliquées dans les transferts horizontaux (gènes de
virulence), co-régulés, sur exprimés, ou sous
exprimés sont autant de cibles potentiels pour étudier cet
aspect. De ce fait, une étude de la structure du fichier des
gènes a été faite afin de savoir les nettoyer pour ne
garder que les données informatives et les exploiter, tels que le nom du
gène, son identifiant, etc.
2eme aspect d'étude : les
protéines
D'après la structure des protéines, il
est constaté que beaucoup s'organisent en domaines ayant une structure
et remplissant des fonctions diverses dont celles de la virulence ou la
résistance à certains antibiotiques. Une étude des
fichiers des protéines a été faite afin de
déterminer les données élémentaires à
prendre en considération dans notre processus d'ECD, à savoir le
nom de la protéine, son code, sa localisation, etc.
| 
