Liste des tableaux
1 Probabilités de 2,1, et 0 allèles IBD sachant
quelques relations
standards xvi
2 Probabilités conditionnelles des IBS sachant IBD,
dans le cas non-consanguin à un locus; fj est la fréquence de
l'allèle Aj et des allèles avec des indices différents
sont distincts xvii
1.1 Probabilités d'observer le mode d'IBS sachant le
mode d'IBD; fk est la fréquence de l'allèle Ak et des
allèles avec des indices différents sont distincts. 2
2.1 Probabilité d'observer un couple de
génotypes, à un locus chez des individus diploïdes,
conditionnellement à leur mode d'apparentement : non-apparentés
ou plein-frères. Les indices j, k et l représentent des
allèles mutuellement différents de l'allèle i. 20
4.1 Classes de diamètre des arbres 44
4.2 Fréquences alléliques aux locus 45
4.3 Caractéristiques des différents locus 47
4.4 Hétérozygotie moyenne sur les locus 47
4.5 Test de Mantel 51
Introduction générale
L'objectif de cette introduction est d'abord de rappeler
brièvement quelques notions élémentaires en
génétique et définitions telles que celle de la structure
de l'acide désoxyribonucléique (ADN) et celle d'un marqueur
génétique qui seront utiles pour la suite. Nous présentons
après la problématique des recherches en amélioration
génétique et le modèle théorique de la
génétique quantitative. Nous décrivons ensuite les
dispositifs de recherche en sélection participative qui constituent le
contexte dans lequel s'insère l'application de notre travail.
Après avoir présenté les différents modes
d'identité des allèles, nous définissons le coefficient
d'apparentement génétique entre deux individus qui mesure la
similarité génétique entre ces individus. Nous passons
ensuite en revue les principales méthodes d'estimation de
l'apparentement génétique et donnons enfin les objectifs de notre
travail et l'organisation de ce document.
Quelques notions de génétique
Caractère Un caractère est une
particularité, une caractéristique observable chez un individu;
un caractère héréditaire est un caractère transmis
par les ascendants à leur descendant.
Chromosome Un chromosome est un élément
microscopique constitué d'une molécule d'acide
désoxyribonucléique (ADN). Les chromosomes sont en nombre
variable selon chaque espèce; l'espèce humaine compte 46
chromosomes répartis en 23 paires.
Gène Un gène est une quantité
d'information concernant un caractère élémentaire qui est
transmise par un parent à son descendant. Les chromosomes portent les
gènes qui sont les supports de l'information
héréditaire.
Génôme L'ensemble des chromosomes d'un individu
constitue son génôme.
Locus Un locus correspond à une position précise
d'un gène sur un chromosome.
Allèle Un allèle est une des formes ou versions
d'un gène présent en un locus; par exemple, lorsqu'un gène
A se présente sous 2 formes différentes A1 et A2 ces
différentes formes sont appelées des allèles.
Génotype La combinaison des gènes
présents en un locus d'un individu constitue son génotype au
locus considéré, par exemple A1A1, A1A2 ou A2A2.
Phénotype Le phénotype est l'expression du
génotype dans un milieu donné; le phénotype est l'ensemble
des caractères apparents d'un individu et est fonction de son
génotype et du milieu environnemental dans lequel vit cet individu
Homozygote Un individu portant 2 copies du même
allèle à un locus, par exemple A1A1, est dit
homozygote.
Hétérozygote Un individu portant 2
allèles différents à un locus, par exemple
A1A2, est dit hétérozygote.
Polymorphisme Un locus est dit polymorphe lorsqu'il a plus de
deux allèles; l'existence de différents allèles possibles
à un locus définit le polymorphisme génétique.
Hétérozygotie moyenne
L'hétérozygotie moyenne est défini par le rapport de la
somme des proportions d'individus hétérozygotes à chaque
locus au nombre total de locus.
Diversité allélique La diversité
allèlique est donnée par le nombre moyen d'allèles par
locus.
Fréquence allélique La fréquence
allélique est une mesure de la fréquence relative d'un
allèle à un locus donné dans l'ensemble de la
population.
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