Memoire Online - Rapport de stage en bactériologie clinique, infectiologie et hygiène hospitaliere aux cliniques universitaires Saint-Luc de l'université catholique de Louvain

RAPPORT DE STAGE EN BACTERIOLOGIE CLINIQUE ET HYGIENE HOSPITALIERE AUX CLINIQUES UNIVERSITAIRES SAINT-LUC DE L'UNIVERSITE CATHOLIQUE DE LOUVAIN.

INTRODUCTION.

Le présent rapport m'est exigé par le Commissariat Général aux Relations Internationales de la Communauté Française de Belgique (CGRI), qui a financé tout mon stage à l'Université Catholique de Louvain (UCL).

S'il faut rappeler le contexte dans lequel j'avais accepté de bénéficier d'un stage en Microbiologie aux Cliniques Universitaires Saint-Luc de l'UCL, ce que je suis un Médecin Généraliste* à l'Hôpital Général de Référence de Bukavu (HGRB-RD Congo), qui est un Hôpital des soins de niveau tertiaire (Référence pour toute l'ex province du Kivu) et où les étudiants de la Faculté de Médecine de l'Université Catholique de Bukavu (UCB) suivent leur formation clinique. C'est ainsi qu'il avait plu au Doyen de la Faculté de Médecine et Chef de Service de Laboratoire à l'HGRB de concevoir la formation d'un Médecin et un Technicien de Laboratoire, en vue d'améliorer la qualité du diagnostic de certitude des maladies infectieuses ainsi que l'encadrement des étudiants lors de leurs travaux pratiques.

C'est suite à l'intérêt personnel que j'attache à l'Infectiologie que j'avais été recommandé pour ce stage auprès du Pr M. Delmée et Collaborateurs, par le canal du Pr D. Moulin.

Chap I. CADRE GENERAL

Après concertation, les orientations retenues pour mon stage étaient les suivantes:

Après quelques reports de la date exacte de notre voyage, Monsieur Théophile MITIMA et moi-même étions finalement arrivés à Bruxelles le dimanche 02 novembre 2003 à 7h00. Le Vice-Recteur aux Affaires étudiantes de l'UCL, le Pr X. Renders qui avait voyagé avec nous, en provenance d'une mission qu'il venait d'effectuer à l'UCB, nous avait guidé dans toutes les formalités administratives à l'Aéroport.

Etant donné que le CGRI n'avait pas pu être prévenu de notre arrivé au dernier moment, nous étions partis de l'Aéroport au site de l'UCL à Woluwé dans un taxi loué personnellement par le Vice-Recteur lui-même ; Et nos trois premières nuits en Belgique, nous les avions ainsi passées chez mon ami Jadot BALITALIKE , Assistant en Pédiatrie (2003-2004).

(*)- Unité des Maladies Infectieuses, Service de Médecine Interne, HGRB, Bukavu, RDC.

Le 03 novembre, nous avions `débarqué' au Bureau du Professeur D. Moulin, amené à revoir son programme de la journée, et les différents contacts repris au Laboratoire de Microbiologie où l'ancienne date de notre arrivée était déjà reportée sine die. Cependant, cela n'avait pas empêché qu'un accueil convivial nous soit offert au Laboratoire.

Le Service de Microbiologie des Cliniques Universitaires St-Luc, fait partie du Département de Biologie Clinique. L'Unité de Microbiologie et Hygiène hospitalière fonctionne au niveau -1 des Cliniques, couloir G8, tandis que l'Unité de recherche est localisée à la Tour Claude-Bernard, étage +5. (Néanmoins, un déménagement est prévu dans quelques mois).

Par la suite, nous étions partis au CGRI, sis-à- 2, Place Sainctelette, 1080 Bruxelles, où notre accueil était bien préparé. Nous y avions été informés des closes de notre contrat de Bourse par M. E. Vandelook, qui, à la même occasion, s'était excusé qu'on ne soit pas venu nous chercher à l'Aéroport. Cela était dû au fait que leur correspondant n'avait pas pu téléphoner pour annoncer notre arrivée.

Le mercredi 04 novembre, le Pr D. Moulin avait chargé sa secrétaire, Mme P. Denesty de me trouver un logement (n'ayant pas été réservé à l'avance). Au bout de compte, j'étais logé à la maison médicale « MéMé », Chambre 3R 01/ 306 ( où j'avais été honoré une fois par la visite du Vice-Recteur aux Affaires étudiantes) tandis que mon collègue , avait opté de loger en famille à GAND.

Le jeudi 05 novembre, j'avais débuté mon stage, qui, malheureusement, en date du 10 novembre, connaîtra une interruption d'une semaine , suite à une élongation ligamentaire à la hanche droite au décours d'un faux pas à domicile (le 07 novembre 2003).

La première étape de mon stage avait consisté spécialement en une rotation dans les différents secteurs du Laboratoire de Microbiologie, entre autres :

Par ailleurs, le Laboratoire comporte d'autres structures, en l'occurrence : la sérologie, la cuisine, le secrétariat et l'équipe d'informaticiens.

- La participation aux Cours théoriques et Séminaires de Microbiologie, Maladies Infectieuses et Hygiène Hospitalière ;

- La participation aux tours de Salle à l'Unité 44 (étage +4) : Maladies Infectieuses, chaque lundi, de 16H00 à 17H30 pendant 4 mois (Pr B. Vandercam ).

La fin de mon stage, initialement prévue pour le 30 avril 2004, s'est vue prolongée d'un mois, en commun accord entre le service de Microbiologie, mon employeur à Bukavu et le CGRI, afin de me permettre de suivre le reste des modules de cours d'Hygiène Hospitalière programmés pour le mois de mai.

Avant de poursuivre ce rapport, qu'il me soit permis de formuler mes sincères remerciements envers tous ceux qui, de près ou de loin, m'ont accompagné dans cet apprentissage :

- Au Pr M. Delmée : pour avoir accepté d'être mon Maître de stage et l'avoir assumé,

- A ses collaborateurs Dr A. Simon, Dr J. Gigi, Pr Y. Glupczynski et au Pr B. Vandercam pour tous leurs enseignements , leur disponibilité et leur sympathie.

- A tous les technologues du Laboratoire de Microbiologie et autres personnels qui m'ont connu, pour m'avoir guidé dans les gestes et raisonnements de base dans ce monde de l'infiniment petit.

- Aux Professeurs D. Moulin, R. Chirimwami, Z. Kashongwe ainsi qu'aux Docteurs L. Sabbadin et Bulabula A. pour leurs recommandations et encouragements.

- A Messieurs X. Renders, A. Vincent, R. Fiasse, Y. Kolanowski, K. Mubagwa, E. Constant et Mme C. Guerrieri pour leur sollicitude.

- A V. Barholere, L. Irenge, J. Nachega ainsi qu' à tous mes amis de Bukavu avec lesquels nous nous sommes retrouvés au Royaume de Belgique, pour leur amitié.

- Enfin, à ma famille restée en RD Congo, et à tous ceux dont l'amour et l'estime me sont intarissables.

Chap. II. SYNTHESE D'ACTIVITES .

Le travail a lieu tous les jours ouvrables de 8h30 à 17h00 avec une pause à midi. Le Laboratoire reçoit non seulement les échantillons des malades soignés aux Cliniques, mais également ceux provenant d'autres hôpitaux ou cliniques du réseau.

Ces différents produits biologiques sont dispatchés dans les unités du département à partir du Centre de Tri Laboratoire (CTL). C'est là que les secrétaires du laboratoire de Microbiologie et Hygiène Hospitalière récupèrent ces produits et les demandes d'analyses ; puis elles procèdent à l'encodage des données de patients dans le réseau informatique pour l'émission des feuilles de travail journalier du laboratoire. C'est après ceci, que les échantillons arrivent définitivement dans les différents secteurs du Laboratoire.

Chaque secteur a un technologue titulaire par an, mais des rotations régulières sont organisées de sorte que chacun d'entre eux soit à mesure de gérer convenablement les différents secteurs. Ainsi, les technologues de laboratoire sont les premiers interlocuteurs des stagiaires et l'esprit pédagogique que j'ai rencontré en tous restera gravé dans ma mémoire à jamais. En plus, pour des questions ou échanges scientifiques dont la portée s'avérait du domaine médical ou spécialisé, je m'adressai soit aux assistants ou bien simplement aux médecins biologistes du service, qui sont restés pour moi d'une disponibilité, d'une convivialité et une humilité exemplaires.

Il est à noter que les gardes de nuit au Laboratoire sont assurés par les seuls assistants polyvalents sous la supervision d'un spécialiste-biologiste.

Il m'est impossible de résumer ici toute l'organisation et les protocoles de travail en

Microbiologie aux Cliniques St-Luc. Il existe dans le Service, des procédures agréées, que chaque stagiaire est autorisé à photocopier pour lui-même .

Ainsi, je reviendrai simplement sur quelques aspects de ma collaboration aux techniques microbiologiques de base, et cela sans être exhaustif .

Normalement, l'isolement ou l'ensemencement des échantillons de bactériologie se fait rarement sur un seul milieu de culture (sauf pour la mise en culture d'urines sur milieu chromogène CPS*) dans la perspective de récupérer chaque pathogène éventuel. Les identifications et antibiogrammes se font soit par galeries automatisées (Phoenix*), soit par galeries des tests biochimiques validées, utilisations de disques d'identification, des milieux sélectifs, etc.

Ceci concerne ma collaboration aux différentes activités dans les différents secteurs du Laboratoire, situé à l'étage -1, couloir G8, excepté la cuisine et le laboratoire de Sérologie.

- de me rendre compte des modalités de conservation des échantillons bactériologiques,

- de connaître les différents milieux couramment utilisés dans le service ainsi que les conditions d'incubation de boites ensemencées ou des Hémocultures (Bactec*)

- de connaître les bactéries saprophytes et pathogènes couramment rencontrées en fonction du site de prélèvement.

- d'approfondir la lecture visuelle des cultures bactériennes positives ou négatives, de connaître les clés d'identification des bactéries pathogènes (soit par galeries automatiques : Phoenix*, soit par des tests biochimiques), et de réaliser si nécessaire des antibiogrammes, soit par la méthode traditionnelle de diffusion de disques sur milieux gélosés à lire sur SIR SCAN* ou bien sur galeries automatiques.

- de savoir les modalités de mise en évidence de différents mécanismes de résistance de certaines bactéries : MRSA, VRE, BLSE, béta-lactamase, Cefinase,...

- de travailler au laboratoire de Mycobacteries (confinement L3) : examens directs, décontamination des échantillons, cultures en automate et sur milieux solides ; et antibiogrammes de mycobactéries.

- d'avoir une vision sommaire sur la culture, l'identification des champignons d'intérêt médical (levures, moisissures et dermatophytes) et la réalisation d'antifongigramme. Aussi, une vue d'ensemble de l'isolement, identification et antibiogramme de bactéries anaérobies.

- d'apprendre la mise en culture de Cathéters et l'interprétation de résultats (technique de MAKI).

- de passer en revue la mise en évidence de certains parasites : Isospora belli, Cryptosporidium parvum, Crochets d'Ecchinococcus granulosus, ...

- d'être informé de quelques modalités de la validation de résultats microbiologiques.

Les activités d'Hygiène Hospitalière sont nombreuses, nécessitant souvent un budget ou bien simplement un changement (pas aisé) des attitudes antérieures dans les unités de soins. Parmi ces activités, j'ai pris part à :

- L'analyse bactériologique des prélèvements biologiques d'unités des soins aseptiques

- L'examen des prélèvements de surface ou fluides (eau de la piscine hospitalière, etc.) soit dans le cadre de contrôle de stérilité ou bien d'investigation d'une épidémie hospitalière.

- Le contrôle des procédures de stérilisation par Autoclaves et Poupinnels au sein des Cliniques (utilisation des préparations de Bacillus subtilis ou stéarothermophilus de la Firme 3M.).

- Suivi d'infections à germes résistants isolés au Laboratoire de routine ( relevé, mise en alerte, rappels de mesures d'Hygiène, décontamination...) tels que les MRSA, les entérobactéries BLSE, les non fermentants multi- résistants (Acinetobacter). Les cas d'infection à Clostridium difficile sont mis en alerte à la Tour Claude Bernard.

- Collection des souches multirésistantes, transmission de souches suspectes d'épidémies nosocomiales pour génotypage, et les comparer entre elles ou bien aux souches de référence.

- Entretien avec le Médecin hygiéniste sur l'élimination de déchets en milieu hospitalier, mettant l'accent sur le tri de déchets et l'importance de l'incinérateur.

Sur proposition de Monsieur R. Fiasse (projet endoscopie à Bukavu), le contact avait

été pris aux Cliniques Universitaires de l'UCL à Mont-Godine, auprès du Pr Y. Glupczynski ; et où Théophile M. et moi, étions partis en date du 20 janvier 2004 pour une journée de travail.

identification et antibiogramme d'Helicobacter pylori ; et surtout, apprendre la réalisation du test à l'Uréase sur biopsies, envisageable à Bukavu (à coupler à l'anatomie-pathologique).

Enfin, j'y ai été sensibilisé sur la pathologie de ce germe (gastrites, ulcère gastro-duodénal et cancer de l'estomac) ainsi que sa sensibilité aux antibiotiques (résistance élevée au Métronidazole dans les Pays en développement). Le Pr Glupczynski nous avait offert entre autres, 2 exemplaires de sa thèse d'agrégation en Médecine dont une partie des recherches avaient été effectuées à Lwiro (RD Congo).

Parmi tant d'autres activités organisées dans cette unité, j'ai pu collaborer à :

- La mise en culture des échantillons des selles pour l'isolement de Clostridium difficile.

- La recherche des toxines A ( par un test rapide en 30 min. )et B de Clostridium difficile.

- Le génotypage de bactéries par la technique de PFGE (Electrophorèse en champs pulsé) dont les photos sont analysées par un logiciel informatique (Gel Compare II).

- Milieu utilisé : CCFA (Cyclostatine, Céfotaxime, Fructose-Agar), boîte à incuber en anaérobiose après y avoir fait une encoche.

- Manipulation de l'Anoxomat ( connecté à une bonbonne de gaz : 10 % C02 + 80 % N2 + 10 % H2), même appareil est utilisé au -1 pour la microaérophilie et anaérobiose.

- Conditions de culture des cellules humaines HELA (Henriette Lack) pour la mise en évidence de l'effet cytopathogène de la toxine B.

- Lecture des colonies de Cl. difficile à la loupe binoculaire (mates, grosses : 3 à 15 mm, dorées, plates, limites irrégulières, trame en verre brisé et sans halo jaune), ainsi que de l'effet cytopathogène de la toxine B.

Cette expérience a été également enrichissante pour moi. Encore une fois, c'était l'occasion de se rendre compte que le dialogue entre le Laboratoire et les cliniciens reste très utile.

- aux échanges sur les modalités pratiques de prescription, administration et surveillance du traitement aux antirétroviraux,

- aux avis sur l'antibiothérapie en fonction de l'antibiogramme ou des germes suspectés.

Mon stage a été complété par une formation théorique satisfaisante . En effet, j'ai suivi des cours théoriques d'Hygiène Hospitalière (45 heures) et de complément de Microbiologie (25 heures). J'ai également participé aux séminaires d'Hygiène Hospitalière, Biologie clinique, Microbiologie et maladies infectieuses. Par ailleurs, une documentation personnelle (d'environ 250) faite d'une bonne dizaine de livres neufs de Microbiologie, Hygiène Hospitalière et Maladies Infectieuses m'a été offerte.

- Ce stage m'a permis également de me rendre compte de l'utilité de l'outil informatique dans la pratique biologique et clinique. C'est dans ce cadre que j'avais rencontré le responsable du système informatique, dont les conseils pourraient nous aider pour des éventuels projets y relatifs à Bukavu.

- Visite à la stérilisation centrale des Cliniques ainsi qu'au Centre Audio-Visuel.

- Entretien le 31.05.04 avec le Dr Luc BILTERYS de la CND de Tournai sur les projets d'Hygiène Hospitalière à Bukavu.

- Quelques matériels de Laboratoire et réactifs nous ont été offerts à la fin de notre séjour à l'UCL.

- Enfin, il est à noter qu'au Service de Microbiologie, la vie ne s'arrête pas seulement à l'identification de germes. C'est ainsi que nous resterons reconnaissants envers tous pour nous avoir associés à différents Drinks ou Réceptions organisés au cours de la période de notre stage.

III. CONCLUSION.

Le stage que je viens d'effectuer aux Cliniques Universitaires Saint-Luc de l'Université Catholique de Louvain, auprès du Professeur M. Delmée et collaborateurs, a été financé dans son entièreté par le Commissariat Général aux Relations Internationales de la Communauté Française de Belgique (CGRI). Ce séjour de 7 mois en Belgique a été enrichissant pour moi, tant sur le plan scientifique qu'humain.

Le déroulement dudit stage a été excellent, et il va de soi que tous ceux qui ont contribué à cette réussite trouve ici l'expression de ma profonde gratitude.

Même si le chemin à parcourir reste encore long dans mon rêve de me spécialiser en Maladies Infectieuses et Tropicales, je viens d'être sensibilisé à un certain nombre des problèmes en vue d'améliorer la qualité de diagnostics et soins des Maladies Infectieuses. Parmi ces problèmes, je peux citer :

- L'utilisation rationnelle des antibiotiques et autres anti-infectieux (ARV,...).

- Le diagnostic microbiologique des maladies infectieuses, surtout bactériennes.

A Bukavu, il sera impérieux pour les différents intervenants de procéder à un état de lieux sincère face à ces différentes questions afin d'identifier les priorités dans ces domaines. Ensuite, des objectifs à atteindre devraient être budgétisés et projetés dans le temps, notamment en commençant par exemple par des problèmes assez simples tels que la promotion de l'hygiène des mains ; pour terminer par la problématique des techniques automatisées dans le diagnostic des Maladies Infectieuses ; en passant bien sûr par la standardisation des pratiques courantes dans la maison sous forme de procédures écrites et applicables.

Je me permets de clôturer ce rapport en présentant mes excuses à toute personne, qui, indépendamment de ma volonté, se serait retrouvée lésée, soit par mes propos, soit par mes attitudes au cours de mon passage à l'UCL et aux Cliniques St-LUC.

ANNEXES I.

10. Qualité des eaux destinées à la consommation et évacuation des déchets en milieu hospitalier.

21. Pratique d'hygiène hospitalière dans une unité des soins intensifs chirurgicaux.

-Participation à 10 séminaires, dont celui d'Actualités en Hygiène hospitalière, Urgences en Maladies Infectieuses, Les Infections aux Anaérobies et Les Staphylocoques `Small Colony Variants'.

ANNEXES III.

Liste des agents pathogènes identifiés au cours de mon stage suivant les différents secteurs :

- Bactéries : Shigella, Salmonella, Yersinia, Campylobacter, Clostridium difficile.

- Parasites : Ascaris, Anguillule, Oxyure, Kystes de Giardia et d'Amibes, OEuf de S.mansoni sur biopsie rectale.

- Bactéries : E. coli et autres entérobactéries d'infection urinaire, S. saprophiticus, Pseudomonas.

- Bactéries : S.aureus, S. pyogenes et autres Streptococoque beta-hémolytiques, S.pneumoniae, Moraxella catarrhalis, BGN non fermentants, H.influenzae, Légionella, Anaérobies...

- Agents infectieux divers, entre autres bactéries aérobies et anaérobies, capnophiles, Corynébacterium JK, levures, moisissures.

- Frottis vaginaux : S. agalactiae, Uréaplasma, Gardnerella vaginalis, Candidas,

ANNEXE IV. PERSPECTIVE DE MISE EN APPLICATION DES ACQUIS A BUKAVU :

N°	Situation actuelle sommaire	Projections	Evaluation
1	Commission Pharmacie (CP)	Par la Direction : - Créer un Comité d'hygiène hospitalière, - Promouvoir le dialogue entre intervenants. - Nomination des cliniciens consultants internes au Labo. - Créer une sous commission de Gestion d'anti-infectieux dans la CP	- Rapports de réunion des commissions 1x/ mois. - De progrès et difficultés dans la collaboration.
2	Intervenants directs : - Le technologue de Labo de Bactériologie. - L'Ass. en Biologie Clinique polyva. - Le Médecin de Maladies infectieuses. Fiche commune de demande d'analyses de laboratoire. Cas d'antibiothérapie empirique non justifiée KT centraux très rares.	- Accroître les possibilités d'analyse bactériologique( identification d'anaérobie, de capnophiles, de Cryptosporidium et I. belli...), Coloration à l'auramine, Méc. de résistance élémentaires, examen KTp infectés, test Uréase... - Concevoir une fiche de demande d'analyses bactériologiques. - Recyclage interne des TL aux ensemencements urgents. - Affecter un 2è TL en Microbiologie. - Collection et conservation des souches pour vérification et validation. - Collecte de données épidémiologiques (archive informatique) en vue de publications...Voir aussi rapport de `Théophile MITIMA'.	- Nombre journalier d'analyses bactériologiques, - Rapport d'activités de service du service de Labo. - Communication aux cliniciens de nouvelles possibilités d'analyses microbiologiques. - Antibiothérapies empiriques vs Antibiothérapies documentées.
3	Activités d'Hygiène hospitalière confondue avec les soins infirmiers. Pas de stérilisation centrale. Pas d'incinérateur fonctionnel. Haute incidence d'infections du site opératoire.	- Autonomie de l'hygiène hospitalière (1 /4 de temps de travail d'un médecin+ Infirmier référant en HH formé temps plein). - Etat de lieu en HH suivant un canevas de PED. - Promouvoir l'hygiène des mains et introduction de la solution hydro-alcoolique (alcool isopropylique 70° siliconé). - Surveillance des infections du site opératoire (Chirurgie et Gynéco-obstétrique). - Stérilisation Centrale (à long terme) - Améliorer les procédures d'élimination de déchets, Rédaction de procédures (antibioprophylaxie, stérilisation, choix d'antiseptiques localement...)	- Séminaire sur l'observance de l'hygiène des mains. - Quantifier les déchets de l'HGRB - Incidence des infections du site opératoire, - Evaluation des objectifs définis par le CHH au début de chaque année. - Observance de l'hygiène de mains - Quantifier la consommation de la solution hydro-alcoolique. - Contrôle de cycles de stérilisation.
4	- Retard dans la transmission des résultats de laboratoire. - Archives papiers.	- Améliorer l'intra-phone, - Envisager à long terme un réseau informatique interne entre le Labo et les Unités des soins.
5.	Unité de Maladies infectieuses de 24 lits + un pavillon fermé pour les épidémies. Pas de procédures internes écrites d'antibiothérapies (`Guidelines').	- Créer une banque de données de Maladies infectieuses documentées par la biologie(voir supra), - Rédaction des précautions générales et additionnelles face aux infections courantes. - Formation des soignants sur certaines infections courantes. - Banque de données sur la consommation d'anti- infectieux.	- Relevés mensuels des cas. - Nombre de Tour de salles médicaux, de consultations et d'avis inter-services. - Nombre de séminaires internes. - Rédaction de `guidelines' d'utilisation rationnelle d'anti-infectieux.
6	Profil idéal des Intervenants	- Un DES ou DIU en HH ( minimum : 6 semaines au Maroc) et un référant en HH (idem). - Un Biologiste polyvalent : 4 à 5 ans . - Un DES en Maladies infectieuses et tropicales : 1 à 3 ans (Dakar, Anvers,...) - Une formation complémentaire en Epidémiologie et traitement quantitatif de données (6 à 12 mois) : discutable. - Un informaticien appliqué. - Un technicien de maintenance. - Des Techniciens de laboratoire formés.	- Programmation de formation et identification de ressources humaines locales. - Dénombrement des heures supplémentaires de travail ou ne relevant pas de ce cadre, et devant être payées.
7	Partenariat	- Pour l'identification complémentaire des certaines souches bactériennes dans les Labo de référence à l'étranger. - Expertise sur l'état actuel du labo de microbiologie§HH et orientation de grands projets d'avenir dans le diagnostic de Maladies infectieuses § tropicales et en HH . - Supervision ponctuelle.	- Rapports