I.2.2. Habitat
Les Staphylocoques sont des germes ubiquistes. En effet, ils
peuvent vivre en bactéries saprophytes dans la nature (sol, air, eaux,
aliments, literie, autres objets inanimés) ou en bactéries
commensales sur la peau et les muqueuses de l'homme et des animaux
(mammifères) ou encore en pathogènes, agents d'infections
humaines ou animales qui
16
peuvent être redoutables. L'homme et les animaux
à sang chaud constituent le réservoir naturel des staphylocoques
(Rebiahi, 2012 et Delarras, 2007).
Chez l'Homme, les staphylocoques font partie de la flore
résidante cutanée qui joue un rôle dans l'équilibre
physico-chimique de la peau et constitue une barrière contre
l'implantation des bactéries de la flore transitoire (Eveillard, 2007).
Les fosses nasales antérieures, les creux axillaires, le pharynx et les
zones humides de la peau comme les aisselles et le périnée,
constituent un site de portage de staphylocoques (Davido, 2010).
I.2.3. Pouvoir pathogène de
Staphylocoque
Le pouvoir pathogène désigne l'ensemble des
particularités d'un microorganisme lui permettant de coloniser, de se
multiplier et de provoquer une maladie dans un organisme hôte (Rebiahi,
2012).
Staphylococcus aureus est l'espèce majeure,
d'origine humaine, animale (volaille, bovin, ovin, etc.), environnementale ou
non spécifique. Son pouvoir pathogène est du à ses toxines
produites, son pouvoir invasif et sa résistance face aux antibiotiques
(Bhatia et al., 2007). Il est l'espèce la plus pathogène
du genre Staphylococcus:
? Par virulence: la bactérie fabrique des
protéines de surface et élabore des enzymes dont la
staphylocoagulase libre et la thermonucléase ou la DNAse
recherchées en routine pour son identification.
? Par toxinogenèse: la bactérie produit diverses
toxines dont les entérotoxines de différents types (A à F
et de G à M) provoquant une intoxication alimentaire ou une
toxi-infection alimentaire.
S. aureus est la première cause d'infection
bactérienne à travers le monde. Les infections à S.
aureus sont très polymorphes, allant d'atteintes cutanées
bénignes (impétigo, furoncles, panaris...) à des
pathologies mettant en jeu le pronostic vital (septicémies,
intoxinations alimentaires, infections nosocomiales et les infections du
système nerveux central) en passant par les infections de la
sphère ORL (sinusites, otites, ...) et autres (Delarras, 2007).
I.2.4. Toxines et Enzymes
Plus de quarante différentes toxines et enzymes sont
produites par S. aureus. Ces toxines et enzymes contribuent à
l'habileté de S. aureus à causer des maladies chez
l'homme (Martin-Odoom et al., 2012).
17
I.2.4.1. Toxines
1. Hémolysines
Quatre types sont à distinguer (Attien et al.,
2014) : ? á -hémolysine ou á-toxine
staphylococcique
L'á-hémolysine, ou á-toxine
staphylococcique est une protéine thermostable, antigénique, qui
induit la formation d'anticorps neutralisants. Elle est toxique pour de
nombreux types de cellules de mammifères, et est dermonécrotique
et neurotoxique. L'á-hémolysine est particulièrement
active sur les érythrocytes de lapin. Les effets sur l'hôte sont
largement dus à la formation de canaux membranaires, ce qui induit une
perturbation au niveau de la perméabilité membranaire, notamment
des échanges Na+/ K+, provoquant la lyse de la
cellule cible (Chaalal, 2013).
? â-hémolysine
La f3-hémolysine est une sphingomyélinase qui
altère les membranes riches en lipides (Davido, 2010). Elle est produite
par de nombreuses souches de S. aureus. Le rôle de la
f3-hémolysine dans les maladies causées par S. aureus
n'est pas encore clairement compris. Elle possède un haut niveau
d'expression chez les souches animales, la majorité des isolats humains
de S. aureus n'exprime pas de f3-toxine (Chaalal, 2013).
? ã-hémolysine
La ã-hémolysine est antigénique chez
l'homme. Elle est formée de deux constituants I (PM: 29kD) et II (PM:
26kD) qui agissent en synergie et dont le cholestérol inhibe leur
action. Produit par 30% des souches hospitalières de S. aureus,
elle possède un spectre d'activité assez large par son action sur
les lymphocytes T, les polynucléaires neutrophiles, les monocytes et les
macrophages (Chaalal, 2013).
? ö-hémolysine
La ö-hémolysine encore
appelé delta-lysine ou delta-toxine, est un peptide de 26 acides
aminés. Thermostable et hydrophobe, elle agit comme un détergent
sur les membranes biologiques (Davido, 2010). La majorité des souches de
S. aureus (97%) synthétise cette toxine. Elle a une
activité hémolytique (Chaalal, 2013).
2. 
18
Exfoliatine ou épidermolysine
Certaines souches de S. aureus (environ 5%)
secrètent une toxine à tropisme cutané: la toxine
épidermolytique ou exfoliatine (Chaalal, 2013).
L'épidermolysine ou l'exfoliatine fait partie des
protéases à sérine active qui se lient et hydrolysent
spécifiquement les résidus aspartate et glutamate.
La cible majeure des épidermolysines est la
desmogléine-1, une protéine desmosomale du stratum granulosum de
l'épiderme. L'épidermolysine atteint la zone du stratum
granulosum, par diffusion à travers les capillaires du derme, induisant
une perte d'adhérence cellulaire entre les zones de
l'épithélium kératinisé engendrant un
décollement intra-épidermique (Davido, 2010).
3. Leucocidines
On distingue plusieurs leucocidines au nombre desquelles on
peut citer: la lukE-lukD et la leucocidine de Panthon et Valentine (Ahoyo et
al., 2013).
La lukE-LukD est mise en évidence chez plus de 75% des
souches de S. aureus et est responsable d'impétigo bulleux.
Elle est aussi mise en évidence chez 93,6% des souches de S. aureus
associé à une diarrhée post antibiothérapie
(Amoussou et al., 2013).
Les leucocidines de Panthon et Valentine (LPV) sont des
exotoxines bactériennes où le spectre d'activité lytique
de cette toxine est restreint aux monocytes, aux macrophages, aux
polynucléaires neutrophiles et aux métamyélocytes. Chacune
de ces toxines est un dimère de deux protéines
sécrétées sous forme non associées, nommées
S et F. Le gène codant la LPV est porté par un
bactériophage qui n'est retrouvé que chez 1 à 2% des
souches cliniques de S. aureus (Chaalal, 2013). Il a été
montré que 90% des souches produisant la LPV sont issues de furoncles,
et inversement que 96% des cas de furoncles sont associés à des
souches productrices de LPV.
Elle est également associée, à des
infections profondes sévères: essentiellement des pneumopathies
communautaires nécrosantes et hémorragiques chez de jeunes
adultes, mais aussi des ostéomyélites (Davido, 2010, Ahoyo et
al., 2013).
4. Entérotoxines
Les entérotoxines appartiennent à la famille des
exotoxines pyrogènes staphylococciques et streptococciques. Ce sont des
protéines solubles dans l'eau et dans les solutions salines (Le
19
Loir et al., 2003). Elles sont de potentiels agents
d'intoxication alimentaire staphylococcique suite à la consommation
d'aliments contaminés. Elles sont émétisantes avec ou sans
diarrhée. Les enterotoxines sont thermostables, résistants aux
enzymes protéolytiques et assez stables sur une large gamme de pH. Les
propriétés biologiques des entérotoxines peuvent rester
inchangées après pasteurisation (Chaalal, 2013).
5. Toxine du choc toxique staphylococcique
La toxine du choc toxique staphylococcique (TSST-1) a
été reconnue comme la cause majeure du syndrome de choc toxique
staphylococcique. Caractérisée par une fièvre, une
hypotension et une desquamation, la TSST-1 est une protéine
extracellulaire à unique chaine. Elle appartient à une grande
famille d'exotoxine pyrogène produite par plusieurs souches de S.
aureus (Chaalal, 2013).
I.2.4.2. Enzymes
1. Coagulase libre
La staphylocoagulase, ou coagulase libre, est une
protéine extracellulaire thermostable caractéristique de S.
aureus, à l'exception de certaines souches staphylococciques
d'origine animale telles que Staphylococcus intermedius,
Staphylococcus hyicus, et Staphylococcus delphini qui
possèdent également la coagulase. La coagulase forme avec la
prothrombine (coagulase-reacting factor : CRF) du plasma, un complexe
appelé Staphylothrombine ce qui entraine l'activation de la thrombine.
La thrombine ainsi activée converti le fibrinogène en fibrine.
C'est un facteur primordial dans le pouvoir pathogène en coagulant le
plasma autour des coques et les protégeant de la phagocytose (Rebiahi,
2012). La capacité de S. aureus à provoquer l'infection
serait liée à la présence de cette enzyme (Chaalal,
2013).
2. Coagulase liée
La coagulase liée est aussi retrouvée chez
S. aureus. Elle agit directement sur le fibrinogène, c'est la
mise en évidence par le test de Clumping Factor. Ce facteur
d'affinité (AF) peut être mis en évidence par une
protéine de paroi de S. aureus capable de se lier au
fibrinogène. Celui-ci est fixé sur des hématies de mouton
ou sur des particules de latex (diagnostics Pasteur, Wellcome, Roche). Une
agglutination, apparaissant en quelques secondes, traduit la présence de
coagulase liée. Cette réaction est très spécifique
(Mounier et al., 1987).
3. 
20
Fibrinolysine ou staphylokinase
La fibrinolysine est une protéine exprimée par
de nombreuses souches de S. aureus. C'est une enzyme qui transforme le
plasminogène en plasmine, elle agit sur le plasma humain de chien, de
cobaye et de lapin. Cette substance antigénique et thermolabile est
caractéristique des souches pathogènes humaines, et est
sécrétée par les germes ayant colonisés le caillot,
elle contribue à sa dislocation et peut jouer un rôle dans la
formation de microemboles suppurés responsables de métastases
septiques (Chaalal, 2013).
4. Catalase
C'est une enzyme qui convertit le péroxyde
d'hydrogène accumulé dans la cellule, résultant du
métabolisme ou lors de la phagocytose en molécules d'eau et
d'oxygène, ce qui empêche la formation de radicaux
oxygénés toxiques pour la bactérie (Chaalal, 2013).
5. Protéase
Elle hydrolyse certaines protéines, telle que la
staphylokinase et contribue à la destruction du caillot et à la
formation de microemboles bactériens, responsables de métastases
septiques (Chaalal, 2013).
6. Hyaluronidase
C'est une enzyme thermolabile qui hydrolyse l'acide
hyaluronique substance fondamentale de la matrice du tissu conjonctif ce qui
permet la diffusion tissulaire de S. aureus. Cette enzyme est produite
uniquement dans la phase exponentielle de croissance (Rebiahi, 2012).
7. Désoxyribonucléase ou DNAse
C'est une enzyme thermostable responsable de l'hydrolyse de
l'ADN de la cellule hôte. La désoxyribonucléase
thermostable (thermonucléase) est produite par toutes les souches de
S. aureus, ainsi que par environ 5% de souches de staphylocoques
à coagulase négative, alors que celle des autres espèces
bactériennes est thermolabile. Ces nucléases interviennent dans
la formation des lésions (Rebiahi, 2012).
8. Lipases
Une des façons dans laquelle les cellules hôtes
répondent à une infection est la production des acides gras et
des lipides. Alors que S. aureus est capable de produire des lipases
qui sont capables de métaboliser les graisses cutanées et jouent
un rôle dans la dissémination de
21
l'infection (Hanane, 2009), les lipases détruisent ces
acides gras avant que les lipides ne causent des dommages au niveau de la
membrane bactérienne (Chaalal, 2013).
9. Phosphatases
Les phosphatases alcalines et acides sont localisées
sur la membrane cytoplasmique ou l'acide teichoiques. Leur rôle
physiologique n'est pas connu. Seule la phosphatase acide est partiellement
libérée dans le milieu (Avril et al., 1992).
10. Bêta-lactamases
La Bêta-lactamase est à la base de la
résistance de S. aureus aux antibiotiques appartenant à
la famille des Beta-lactames. L'enzyme hydrolyse l'anneau â-lactame et
inactive la molécule de pénicilline (El Haddad, 2010).
I.2.5. Caractères morphologiques de S.
aureus
A l'examen microscopique, S. aureus se
présente sous l'aspect de cocci sphériques de 1 à 1,5um de
diamètre. A la coloration de Gram il est Gram +, immobile et non
sporulé. La grande majorité des souches sont capsulées in
vivo mais perdent progressivement leur capsule en culture, d'autres forment des
colonies mucoïde et sont entourées d'une pseudocapsule (Chaalal,
2013).
De l'étalement fait à partir de culture sur
milieux solides, ils se disposent après coloration de Gram, en amas
irréguliers polyédriques évoquant l'aspect
caractéristique de grappe de raisin. Alors que d'un milieu liquide, ils
sont souvent isolés en diplocoques en tétrades ou en de courtes
chainettes. Examinés sur lames, après avoir été
isolé d'une gélose, l'aspect en mosaïque est habituel (Le
Loire et al., 2003).
I.2.6. Caractères culturaux de S.
aureus
Le Staphylococcus aureus est un germe peu exigeant
sur le plan nutritif et tolère de grandes variations. Il se cultive
facilement sur milieu usuel simple en aérobie comme anaérobiose
à des températures de 7°C à 48,5°C avec un
optimal de 30°C à 37°C et un pH de 4,2 à 9,3 avec un
optimal de 7 à 7,5 (Le Loire et al., 2003; Bhatia et
al.,2007). Il est capable de se multiplier dans des milieux contenant
15% de NaCl (bactérie halophile). Ces caractéristiques
confèrent à S. aureus la capacité de coloniser
une grande variété d'aliments (Bhatia et al., 2007). En
bouillon ordinaire, la culture est rapide et donne en quelques heures un
trouble sur toute la hauteur du tube (trouble homogène) puis un
dépôt est observé. C'est donc une bactérie
22
aérobie-anaérobie facultative, capable de se
multiplier à la surface de la peau, en aérobiose et dans les
tissus mal oxygénés, plaie profonde par exemple. Il n'y a pas de
production de pigment en milieu liquide (Chaalal, 2013).
Sur milieu solide, les colonies sont observées
après 24h d'incubation. Sur gélose ordinaire, elles sont larges
(2-4mm de diamètre), circulaires, légèrement
bombées, lisses et luisantes.
La pigmentation des colonies peut varier du blanc au jaune ou
jaune orangé. Sur gélose au sang, les souches typiques de S.
aureus peuvent produire des colonies de grand diamètre que celles
produites sur gélose nutritive et de couleur jaune dorée,
entourées d'une hémolyse â. Le S. aureus peut
être également cultivé en milieu sélectif tel que:
le milieu Chapman, milieu gélosé hypersalé (7,5% de NaCl)
qui contient du mannitol, il permet une culture abondante de S. aureus
après une incubation de 24 à 48 heures. Les colonies sont
alors entourées d'un halot jaune puisqu'elles fermentent le mannitol. La
pousse sur ce milieu ne constitue qu'une indication puisque d'autres germes
tels que les entérocoques ou les Proteus peuvent être
cultivées dessus (Chaalal, 2013).
I.2.7. Caractères biochimiques de S.
aureus
Toutes les souches de S. aureus ont un
métabolisme aérobie prédominant et un métabolisme
anaérobie facultatif. Elles produisent une catalase, une nucléase
thermostable, une coagulase mais pas d'oxydase. Il fermente habituellement le
mannitol utilisé dans le milieu Chapman. Cette fermentation se traduit
par le virage au jaune du milieu de culture (Chaalal, 2013).
I.3. GENERALITES SUR SALMONELLA I.3.1. Définition
de Salmonella
Les Salmonella sont des bactéries appartenant
à la famille des Enterobacteriaceae. Elles peuvent infecter
l'homme, des mammifères comme les rongeurs, des oiseaux tels que les
volailles et des animaux à sang froid comme les reptiles (Pierre et
al., 2003). Elles correspondent à des bactéries
pathogènes responsables de la toxi-infection alimentaire collective
(TIAC) et de la fièvre typhoïde et paratyphoïde dans le monde
entier (Rafalimanana, 2008). La maladie humaine provoquée par les
bactéries du genre Salmonella est appelée salmonellose
(Santos et al., 2013).
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